菠菜根腐病为真菌性病害。菠菜出苗后不久，病菌侵入植株近地面部，造成缢缩猝倒或子叶卷曲成线状死亡。连作地发病重。防治应将畦面做成半圆形，以利于排水;多雨地区搭拱棚覆盖塑料薄膜栽培，以减轻病害发生。
药剂防治可选用98%恶霉灵可湿性粉剂3000倍液、64%杀毒矾M8可湿性粉剂600倍液、72.2%普力克水剂600～800倍液、69%安克可湿性粉剂3000倍液、80%山德生可湿性粉剂600～800倍液、1.5%多抗霉素可湿性粉剂150～200倍液、50%多菌灵可湿性粉剂600～800倍液等喷雾，每7～10天一次，连续防治2～3次。
