微生物肥料是以微生物的生命活动促使作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。
首先，微生物肥料与富含氮、磷、钾的化学肥料不同，微生物肥料是通过微生物的生命活动直接或间接地促进作物生长，抗病虫害，改善作物品质，而不仅仅以增加作物的产量为惟一衡量标准。另一方面，从目前的研究和试验结果来看，微生物肥料不能完全取代化肥，比如用根瘤菌菌剂接种花生。大豆等豆科植物或牧草可以提高共生固氮效能，增产效果很明显。但在同样有效产量构成的情况下，只能不同程度减少化肥的使用量而不能完全取代。除此以外，每一种肥料都有其适用作物和地区，目前还没有一种肥料可以用到哪里哪里灵。因此，从微生物的种类及其功能来看，与传统的化肥和有机肥又有着本质的区别。
从微生物肥料的功能不同可将其分为二类。
一、微生物拌种剂
利用多孔的物质作为吸附剂(如草炭、蛭石)，吸附菌体的发酵液而成菌剂，这种菌剂用于拌种或蘸根。有益微生物通过其生命活动增加植物营养元素的供应，改善植物营养状况而增产。其代表品种为各类根瘤菌肥料，主要应用于豆科植物，使其能在豆科植物根、茎上形成根瘤，同化空气中的氮素来供应植物氮素营养。
也可将两种或两种以上微生物(固氮菌、芽孢菌或其它一些细菌)互不拮抗、互相有利，通过其生命活动使作物增产，其作用不仅提高营养元素的供应水平，还包括菌在繁殖过程中自身产生的各类植物生长刺激素，拮抗某些病原菌，达到抑制病害的目的，尤其是土传病害，例如线虫病害、全蚀病、青枯病、枯萎病等。有的菌剂能活化土壤中被固定的磷、钾矿物，使之被植物吸收。另一些菌剂能加速作物秸秆的腐熟和促进有机废物发酵。
二、复合微生物肥料
除了含有效微生物外，还有一些营养物质。根据营养物质的不同可分为：微生物和有机物复合;微生物和有机物质及无机元素复合。如果根据作用机理则可分为：以营养为主;以抗病为主，以降解农药为主;也可多种作用同时兼有。每种肥料各有特色，作用不完全一致，但目的都是为了提高作物的产量，减少化肥用量，降低成本，改良土壤和改善作物品质，保护生态环境。
如果按其制品中特定的微生物种类，可分为细菌肥料(根瘤菌肥、固氮、解磷、解钾肥)、放线菌肥(抗生肥料)、真菌类肥料(菌根真菌、霉菌肥料、酵母肥料)、光合细菌肥料。
如果按作用机理，可分为根瘤菌肥料、固氮菌肥料(自生或联合共生类)、解磷肥料、硅酸盐类肥料、芽孢杆菌制剂、分解作物秸秆制剂、微生物植物生长调节剂类。目前正处于研究与探索的促进植物生长调节剂类。
