首先，施肥的作用、目的都发生了明显的变化
露地条件下的土壤施肥是以满足作物对各种肥料元素的需求为主要目标，而设施栽培中的土壤施肥，除以上目标外，还担负着供给作物光合作用的主要原料——二氧化碳的任务。因为设施内空气中的二氧化碳难以从空气流通中得到补充，二氧化碳是否充足，成为制约设施内作物产量高低的首要因素。而肥料元素是否充足、配置比例是否合理，虽然仍是制约作物产量的重要因素，但是和设施中的二氧化碳含量相比，已经不是最主要的了。所以在设施栽培中土壤施肥不但要满足作物对各种肥料元素的需求，更重要的是满足作物光合作用对二氧化碳的需求。
第二，随着施肥目标的改变，施用肥料的种类必然随之改变
在露地条件下，有机肥料与各种速效化肥相比，肥效明显逊色。而在设施栽培中，不管是哪种速效化肥，都不能满足作物对二氧化碳的需求，而有机肥料施入土壤中后，经土壤微生物分解，却能源源不断地释放二氧化碳。因此，有机肥料是设施栽培用肥的首选和必须，不论是基肥还是追肥都应施用有机肥料，以满足作物对二氧化碳的需求。而各种速效化肥，特别是速效氮肥，只能适当配合有机肥料施用，且施用量必须严格控制，决不能施用过多，以免引起土壤盐渍化和发生氨害。
第三，施用方法不同
在作物栽种以后，不管是追施有机肥料还是追施化肥，都必须选择晴天上午进行，做到撒肥、掘翻、浇水、覆膜同步进行，严禁阴天、下午进行追肥操作。操作的同时还须开启通风口，否则追肥操作过程中挥发的氨气、水蒸气不能及时排除，会严重危害作物，室内湿度过高还可能诱发病害。追施速效化肥，还须事先溶解成水溶液，随水冲施，以防止氮素不能及时被土壤溶液吸收，而挥发氨
