有机肥多作为基肥施用，而春季施肥以春播或春季移栽作物为主，所以合理施用有机肥就更加重要。有机肥在备肥和施用时要注意以下几点：
施肥前一定要堆沤。腐熟有机肥中的养分多为无效态，难以被作物直接吸收利用，必须在腐熟过程中通过微生物分解转化变成有效态;有机肥中含有各种有害的病菌、虫卵和草籽，必需借助腐熟发酵的高温进行杀灭。不少种植大户将有机肥事先腐熟后封堆保存，隔年再用，这是一个成功的经验，应予以推广。
因作物而异。掌握好施肥量有机肥与化肥各有所长和不足，两者要配合施用。考虑到合理性和可能性，施肥量要因作物而异。对大田作物提倡施用有机肥，一般亩施有机肥1000~3000公斤;对果树和蔬菜则必须施用有机肥，其中果树和露地蔬菜一般为3000~4000公斤，大棚等保护地蔬菜一般为4000~7000公斤。这里的施肥量主要指普通堆沤肥和厩肥，如为畜禽粪其用量应该适当减少，甚至减半。
正确处理商品有机肥和农家肥的关系。商品有机肥多为富含有机质的动植物废弃物经发酵后制得，并达到了NY525—2002行业标准，作为商品出售，其品质优于一般农家肥。在施用方法上主要作基肥，每亩施用量为200~500公斤;一般不提倡作追肥，如果作追肥施用量应该适当减少，并配施适量化肥。由于其施用量较少，归还给土壤的有机质相当有限，不可长期连续施用商品有机肥来代替农家肥，至少要每隔3~5年施用一次农家肥。
正确看待有机肥与有机食品的关系。有机肥与化肥的主要区别在于：有机肥养分全面，养分配比天然合理，释放缓慢，一般不会导致养分供应失衡;而化肥养分比较单一，养分释放快，一般生产者难以完全做到科学控制养分的用量、配比和释放速率，很容易因过量施肥或养分供应失衡而造成产品质量下降和环境污染，所以有机食品规定只许施用有机肥，不许施用化肥是有道理的。但有机肥如果选用不当也会带来食品安全和环境污染问题，特别是当有机肥含有污染元素或有害物质及过量施用时。因此只施用有机肥的不一定就是安全食品，更不一定是有机食品。
