家庭有机肥不宜长途运输，由此造成目前的再生利用率很不平衡，以有机肥中养分还田率看，磷的还田率最大，达78%，钾其次，为61%，氮的还田率最小，仅为40%。
有机肥产业近年来在政府大力支持与推动下发展加快，这些商品有机肥主要用于经济作物的生产田，而粮食作物的生产田很少施有机肥。据考察，从北方到南方的蔬菜、果树有机肥的用量每亩少则3~5吨，多则10~20吨。可想而知，有的老菜地出现了次生盐渍化等土壤质量下降的问题。所以，应该全面了解有机肥的特性和合理施用。
在现代可持续农业种植中，合理施用有机肥对于实现高产优质和可持续发展都有很好的作用。但是，目前中外各国都发展了有机肥与化肥配合施用，以达增产增收又可培肥土壤的目的。有机肥优点是含养分种类多、具有各种大量和微量营养元素的完全肥料，并含有维生素等活性物质。合格的有机肥含有大量的有机物，常年施用有机肥能使土壤有机质得到更新或提高，改善理化性状，起到明显的改土作用。但其养分含量低，有机态的养分要经过土壤微生物逐步分解，才能转化成植物可以吸收的养分。
以畜禽粪尿类有机肥来说，这类有机肥目前数量很大，随着畜产品生产的快速发展而增长极快。如果重视不够，不花大力气去抓紧对畜禽粪便的科学施用，其后果将是严重的。那不仅使蔬菜果树以及烟叶、茶叶、马铃薯等众多经济作物失去一类价廉物美的肥料资源，而且影响到它们的产量和品质，还将造成农业居民区环境恶化，不利于新农村的文明建设。因此，首当其冲地要在经济类作物生产中充分而合理地施用粪尿类养分资源，进而把它们推向大田粮食作物生产中。另外，粪尿类有机肥的主要特点是碳氮比比较窄，一般C/N比值在6～10之间;而一株成熟而风干的玉米秸秆的C/N比为80∶1。由此可见，大量施用粪尿类有机肥可以部分替代化学肥料对作物的氮磷养分供给，完全可减少化肥的施用量。但是，大量施用粪尿类有机肥对于土壤的作用，主要是促进有机质的循环与更新，而对于土壤有机质的提高则没有贡献。因此，粪尿类有机肥应主要用在新菜地、新果园等，而对于老菜地土壤来说，大量长期施用，还会导致土壤微生物活性变差等问题。因此，在现代集约型经济作物栽培体系中，粪尿类有机肥的科学施用要注意：
其一，不能施用生粪，必须腐熟和经过堆制转化。要将大量分散的原生粪尿堆制成合格的有机肥，不仅需要技术，更需要劳动力。在当前农村壮劳力很缺乏的条件下，人们可随处见到生粪起出后，数月甚至半年堆积在路边与村头，任其日晒雨淋，造成粪尿类肥料的氨气挥发和氮钾养分的流失和虫卵病菌传播的严重现象。等到了生产用肥的时候，就直接上到地里。这种现象应该改变。
其二，适量施用的原则。控制粪肥用量的做法，在欧盟国家已经提出了控量施用的规定。以英国为例，将施用量定在170公斤(氮)/公顷之内。然而，近年来我国部分地区的蔬菜和果园生产中，每亩粪肥的施用量平均达到2吨以上，有的菜地还达10吨，这样盲目而普遍超高的粪肥施用量，造成了菜地养分富集和水体污染的形势。由于粪肥富含有机氮其分解的最终产物也是硝酸盐，同样对水体和环境可能产生污染，粪肥还可能有重金属超标等问题。
因此，我国在高投入集约化经济作物生产中，也应该应用测土配方施肥的技术，同时规范有机肥和化肥的施用量。提倡在有机肥与化肥配合施用时，二者适宜的供氮量比例以各占一半为佳。
对于高投入高产出的经济作物的施肥原则，在养殖业日趋发达的今天，尤其要注意粪肥的控量施用，这是科学合理的。应该将超量产出的粪肥向粮食生产的大田施用，那将有利于我国粮食生产的可持续发展和减少部分农田的有害气体排放。
其三，粪肥的制作除了发酵转化以外，还要调节碳氮比，添加秸秆的成分，加宽碳氮比，提高粪肥的改土功能。
