番石榴肥料之施用应以缓效性有机肥料为主，化学肥料为辅。有机肥料范围很广，包括植物质、动物质及动物排泄物等。有机肥料成分极为重要，常用的有米糠、蓖麻粕、菜籽粕、黄豆粉、花生粕、废弃稻壳、甘蔗渣、废弃菇类木屑、泥炭、动物性毛骨粉、牛粪、鸡粪、猪粪尿、鱼精、海藻精及蚵粉等。使用市售袋装腐熟完全的有机肥料，应注意有的堆肥中混入了尿素、硫酸铵、磷矿石粉或硅酸炉渣等其他物质，甚至有化学成分浓度高造成肥害的现象。黏质土壤有机质含量低者，建议使用纤维成分较高的有机质，因其碳氮比值较高，分解速度较缓慢，长期施用可逐年增加土壤有机质含量，以改善土壤理化性。以禽畜粪为主体的有机肥因氮、磷含量比较高，且所含铜、锌等重金属含量较高，不宜长期使用。
化学肥料便宜、纯度高、施用方便，而有机肥料价格高、施用费工与费时，但有机肥料的体积大、分解慢、可增加土壤通气性、增加保水性及改善土壤物理性结构、提高肥料有效性与根部活性，为保持土壤生产力，应设法维持或增加土壤有机质含量。而化学肥料施用简单见效快，实际栽培上，要完全使用有机质，这种可能性并不大，可在经济利益许可的情况下，合理使用化肥，并和有机肥料配合使用，以提高番石榴品质，增加农友收益。
各种有机肥其肥效不同，单使用某一种有机肥，其所含三要素比例不一定适合番石榴不同生育时期的需求，且各特定土壤肥力状况不同，如果长期大量施用单一种有机质，极可能造成土壤中养分不平衡，而影响作物产量和品质，故应配合化学肥料施用，使适合不同生育时期之所需。
