柠檬树的施化肥原则是重施深施秋肥和采果肥，看树补施花前肥和穗果肥，做到上半年轻，下半年重。
2～3月春梢萌动时，进行第1次施肥，根据树势强弱，分别补施一些速效氮肥。弱材、花量多的树适当多施;强材、花量少的树少施或不施。氮肥用量占全年总量的10～15%，促春梢春花健壮生长。
第2次施肥在谢花后至果实膨大前，结合保果、治虫，多次喷施0.3%尿素液，及时补充开花后树体养分的损失，增加着果量。
第3次施肥在7～8月，正值秋梢抽发、果实膨大期。这次施肥量大，氮肥占全年用量的40%，磷、钾化肥各占50%，在每株滴水线处开施肥坑2个，深30～40厘米，以确保秋梢母枝健壮，春花分化良好。
第4次施肥在11月采果后、气温降低前，重施深施。在秋季施肥的另两侧深挖坑，施氮肥量占全年用量的40%，磷、钾肥各占40%，以绿肥、渣肥等有机迟效肥为主。
