1、有机肥种类单一，多为鸡粪猪粪等畜禽粪尿类。以鸡粪为例，含氮、磷养分较多，而碳氮比很低，这对土壤结构的调节功能是不足的。
2、施用的数量大，养分投入过量，尤其氮、磷投入过量，致使局部地区已出现环境问题。例如，由于粪尿类、食品加工残渣类有机肥都有含盐量较高的特点，所以有机肥过量施用可能会导致土壤盐分累积。
3、施用的安全性。
垃圾类有机肥中常含有重金属及放射性物质等污染物;动物粪尿类有机肥，由于饲料添加剂的残留也会有一定含量的重金属，如锌、铜、砷等;此外，秸秆类有机肥中往往还含某些病原微生物，如有害病菌和虫卵等。从市场调查中还发现，有的商贩为了使有机肥体积膨大，在粪尿肥中加入碱，这些碱性过强的有机肥会影响蔬菜生长等。一旦将这些问题有机肥施用到菜地，可能导致蔬菜产品中有害成分超标，构成对食品及环境安全的威胁。
