有机蔬菜生产与常规蔬菜生产的根本不同在于病虫草害和肥料使用的差异，其要求比常规蔬菜生产高。
在培肥土壤的基础上，通过土壤微生物的作用来供给作物养分，要求以有机肥为主，辅以生物肥料，并适当种植绿肥作物培肥土壤。
一、要施优质有机肥充足的有机肥，能不断供给蔬菜整个生育期所需的养分，有利于蔬菜品质的提高。农作物秸秆和畜禽粪便是沤制有机肥的上等原料。农作物秸秆粉碎后加入速腐剂，堆垛，表面用泥封平，使发酵温度维持在25℃～45℃，一般25天左右即可沤制成肥。也可提前用EM原露堆肥发酵，每立方米粪肥用EM原露1公斤加0.5公斤红糖对水20公斤，搅匀后静置30分钟，再喷洒在半干的粪肥中，翻堆后用农膜包严发酵，温度以不超过45℃为宜。每亩日光温室蔬菜可深施充分腐熟的有机肥16-20立方米，分两次施入(第一次施入2/3，第二次施入1/3)，施后浇透水1次，以防止肥害烧根。3年以上的蔬菜田，当土壤pH值小于6时，每亩分两次施入80公斤石灰粉，浇水中和土壤;当土壤pH值大于7时，每亩分两次施入50公斤石膏粉，浇水中和土壤。
二、要增施微肥蔬菜施用微肥，可使蔬菜优质高产，但微肥施用量要适当，施用量过大会对蔬菜产生危害。酸性微肥如硫酸亚铁每亩用量不能超过3.5公斤，硫酸锰每亩用量不能超过2公斤;碱性微肥如硫酸铜每亩用量不能超过2公斤，硼砂每亩用量不能超过1.25公斤，硫酸锌每亩用量不能超过1.25公斤;中性微肥如硫酸镁每亩施0.5公斤即可。
三、要慎化肥硝酸铵和其他硝态氮肥一般不宜施用于蔬菜。因为硝态氮肥会使蔬菜中的硝酸盐含量增加，硝酸盐在人体中容易被还原成亚硝酸盐，对人体危害较大。叶菜类蔬菜忌叶面喷施氮肥，因为蔬菜叶面喷施氮肥后，其铵离子与空气接触后，易转化为酸根离子，被叶片吸收，加上叶菜类蔬菜生育期短，很容易使硝酸盐积累在叶内，人们食用后容易引起食物中毒。氯化铵、氯化钾等含氯化肥不宜施用于番茄、马铃薯、胡萝卜、白萝卜、红薯、山药、球茎茴香等。因为含氯化肥在土壤中分解后，铵或钾离子会被土壤吸附或被蔬菜吸收，浓度达到一定程度时会对蔬菜根系产生危害，严重时会造成蔬菜死亡。
