在中药材拌种时有三种肥料不可用，含有毒害作用的肥料、含有害离子的肥料、含有腐蚀作用的肥料这三类都不能应用到中药材拌种的肥料中。
一、含有毒害作用的肥料主要是农作物生产中使用最多的尿素。尿素在农作物生产过程中，常生成少量的缩二脲，该物质的含量超过2%，对种子和幼苗就会产生毒害。另外，含氮量高的尿素分子也会透入药材种子的蛋白质分子结构中，使蛋白质变形，影响种子的发芽。
二、含有害离子的肥料一类是氯化钾、氯化铵。此类化肥含有氯离子，施入后会产生水溶性的氯化物，对种子发芽和幼苗的生长不利。另一个类是硝酸铵、硝酸钾。因含有硝酸根离子，对种子发芽影响很大。
三、含有腐蚀作用的肥料如碳酸氢铵和过磷酸钙。若用此类化肥作中药材栽培时的种肥，对种子的发芽和幼苗都会产生严重危害。若土质差，一定要此类肥料，可将其施在沟下或底层，上面覆盖一层细土后再撒播药材种子；也可将过磷酸钙与土杂肥混合均匀后施用。在种植中药材时应避免此类化肥与药材种子的幼苗直接接触。
中药材拌种三类肥料不宜用，如果中药材拌种的作物上肥料施用不合理，则会给作物造成一定的危害。
