在菜地施用有机肥，不但可以提供养分，提升菜地土壤的有机质与缓冲性能，还起到减轻土传病害和重茬障碍等多方面的重要作用。所以，在蔬菜生产的过程中从来都重视有机肥的施用。为了蔬菜生产更好的续发展，中国化肥网对当下有机肥施用的问题与科学策略做出了一下总结。
当前菜地有机肥施用有三问题
1.施用的安全性。例如，垃圾类有机肥中常含有重金属及放射性物质等污染物;动物粪尿类有机肥，由于饲料添加剂的残留也会有一定含量的重金属，如锌、铜、砷等;此外，秸秆类有机肥中往往还含某些病原微生物，如有害病菌和虫卵等。从市场调查中还发现，有的商贩为了使有机肥体积膨大，在粪尿肥中加入碱，这些碱性过强的有机肥会影响蔬菜生长等。一旦将这些问题有机肥施用到菜地，可能导致蔬菜产品中有害成分超标，构成对食品及环境安全的威胁。
2.有机肥种类单一，多为鸡粪猪粪等畜禽粪尿类;以鸡粪为例，含氮磷养分较多，而 C/N比很低，这对土壤结构的调节功能是不足的。
3.施用的数量大，养分投入过量，尤其氮肥、磷肥投入过量，致使局部地区已出现环境问题。例如，由于粪尿类、食品加工残渣类有机肥都有含盐量较高的特点，所以有机肥过量施用可能会导致土壤盐分累积。已有报道表明，温室大棚生产中，每年至少每公顷施用有机肥75～150吨，相当于向每公顷土壤投入了净盐510～610公斤，长年不断施用，土壤含盐量就会逐年增加。
菜田有机肥合理施用对策
1.蔬菜生产中的施肥策略以有机无机相结合的原则，有机肥的施用量要合理，而不要多多益善。首先掌握所施有机肥的养分含量，充分估算其对作物所供应的氮磷钾养分数量，要扣除有机肥所能提供的养分数量后，不足的部分再施用化学肥料补充，但是当前生产实践中，菜农往往不算有机肥养分只算化肥养分，而导致过量施肥的普遍问题。
关于有机无机的适当配比：以满足蔬菜作物周年所需氮素的供应量为例，有的国家提出：来自有机肥中的氮素比例占50%～60%为宜。联合国粮农组织曾推荐：按照有机氮与无机氮之比为1∶(0.4～1)，并以此确定有机肥与化肥的施用量。
2.针对菜地土壤的质量特征选择不同种类有机肥，新菜田应选用化学养分高、速效的发酵有机肥，如粪尿、绿肥、饼肥;老菜田应选用含秸秆丰富，经过堆沤发酵的缓效有机肥。有些连作障碍严重的老菜田采用秸秆生物反应堆技术效果很好，就是利用秸秆改善土壤物理性状，又补充了充足的碳源。在有机肥种类中，选用堆肥产品包括粪尿秸秆固体垃圾等, 可提高蔬菜作物抗性和促根效应，改良土壤pH值和土壤结构，提高土壤有机质数量，钝化菜田重金属活性，减轻重金属污染风险。
3.有机肥施用时期：总的原则是针对有机肥具有缓效性的特点，将它作基肥或底肥施用，在播种或栽插前施用。不用它作追肥，要用化肥作追肥。
为此要制定合理的基追肥比例，对于高产果菜类作物，适量减少基肥施用量，增加追肥施用量。
最后一点就是，要控制肥水的投入，以便减少菜地有机成分的累积，带来的损害和污染。总之，种植蔬菜中，要大力宣传和推广有机肥科学施用知识，普及定量施肥的观念;帮助菜农无害化用好有机肥，来提高蔬菜的品质和产量
