农田施用菌肥有很多的注意事项，不能随便施用，否则将会造成事倍功半的效果。“菌肥”是从天然界中采集到的固氮活性菌种，经科学配方、组合加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥。在农田中施用菌肥时应留意以下几点：
农田施用菌肥，就地取材对含硫高的泥土和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，通常不撒施菌肥，用喷雾的方法效果更显然。
因温制宜高温、低温、干旱条件下的农田不宜施用菌肥。施用菌肥的最佳温度是25-37℃，低于5℃或高于45℃时施用效果较差。泥土含水量在60-70%之间时，菌肥的肥效较好。
因混制宜不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰等混用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。如果一定要用上述药、肥，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。将菌肥用于拌种时，切忌将拌有菌肥的种子与已拌有杀菌剂的种子混杂使用。此外，应避免将菌肥与未腐熟的农家肥混用。
因量制宜对于多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大批减施化肥和有机肥。因为农作物会对化肥产生依靠性，用生物菌肥取代氮肥，农作物一下子不能适应。菌肥的取代量应做到第一、第二和第三年分别取代氮肥的30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
因时制宜生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大批吸收期前7-10天施用，效果最佳。
