大棚蔬菜栽培要得法，有机肥的使用会很有帮助，但是有机肥不可以盲目使用，否则会造成负面影响。有机肥在大棚蔬菜上的使用要注意一下几点：
一是要节制有机肥用量，并配适宜量的速效性化肥。
通常以每年每亩的大棚施用腐熟的鸡粪5—7吨或猪、牛等厩肥6—8吨为宜，新建大棚恰当多些，种植五年以上的大棚应恰当减少用量。对于有机质含量较低的风砂土、盐碱土、白浆土、黑钙土等恰当多些，而有机质含量较高的黑土、草甸土适量少些。
二是有机肥必须充分腐熟，严禁施用未充分腐熟的有机肥。
新鲜的畜粪便含有病菌及寄生虫，不宜直接使用，通常应经堆制，在发酵、腐熟进程中杀死各种病菌、虫卵及其它杂种种子，还可将肥料中的有机物质逐步分解为植物能够吸收的各种营养成分。
三是有机肥施用尽量多样化。
避免多年单一施用一种有机肥料，并配合施用一些生物肥料。
四是使用腐熟的沼气发酵肥。
沼气发酵是利用人畜粪尿、作物秸秆、青草、农业废气物、生活污水等各种有机物，在隔绝空气和一定温度、水分、酸碱度等条件下，经过多种微生物共同嫌气分解的结果。无公害蔬菜田使用沼气发酵肥恳求密封贮存期30d以上，高温沼气发酵温度53℃左右延续2d，在使用粪液中无孑孓，池的周围无活的蛆、蛹或新羽化的成蛹。沼气池残渣经无害化解决后方可使用。
五是化肥和农家肥混用利益多。
化肥的特点是养分含量高、肥效快而延续时间短。养分单一，农家肥是完全肥料，养分含量低肥效慢而延续时间长。故二者可舍短取长。
