一般认为，大量施用有机肥可改良土壤，使沙土变得肥沃、黏土变得疏松易耕，此外，还可协调土壤中空气与水分的比例，从而有利于作物根系的生长和对水分、养料的吸收。然而，有机肥和化肥一样，施用不当同样会带来硝酸盐淋失、温室气体排放等生态威胁。目前，一些发达国家已经通过立法的形式来控制和指导农田有机肥的施用。近些年，我国规模化养殖业迅速发展，畜禽粪便中重金属、抗生素等含量增加，有机肥的安全性也存在隐患。
那么，如何施用有机肥才科学合理呢?一是注意选择优质的有机肥，选用商品有机肥时最好选用正规大厂生产的;二是有机肥必须充分腐熟后施用;三是配合生物肥施用，有机肥无论是基施还是冲施，最好配合生物肥施用，因为有机肥在与生物肥配合施用后，生物肥中的生物菌能加速有机肥中有机质的分解，使其更利于作物吸收;四是严格控制有机肥施用量，不可过量施用。
