化肥有酸性、碱性和中性之分。酸性和中性化肥可以在盐碱地上施用，碱性肥料避免在盐碱地上施用。如尿素、碳酸氢铵、硝酸铵等在土壤中不残留任何杂质，不会增加土壤盐分和碱性，适宜在盐碱地上施用。硫酸铵是生理酸性肥料，肥料中的铵被小麦吸收后，残留的硫酸根可以降低土壤碱性，也可以在盐碱地施用。石灰氮、草木灰等碱性肥料不适宜在盐碱地上施用。硝酸钠属生理碱性肥料，肥料中的硝酸根离子被小麦吸收后，残留的钠不仅会增加土壤盐分，而且会使土壤碱性提高。盐碱地小麦也适宜施用氯化铵。给盐地小麦施用磷肥，应选用过磷酸钙，施用钙镁磷肥会提高土壤碱性。
此外，盐碱地小麦施用化肥，应配合施用有机肥，这样既可以补充多种营养，又有利于降低土壤溶液浓度，减轻盐碱危害。化肥应少量多次施用，以免土壤溶液浓度骤然升高，影响小麦吸收和生长。 铵态氮肥在盐碱地上施用易引起氨挥发，要深施埋严。
