1.不选含有害离子的肥料。氯化钾、氯化铵等化肥含有氯离子，施入土壤后会产生水溶性氯化物，对种子发芽和幼苗生长不利。硝酸铵、硝酸钾等肥料所含的硝酸根离子，对种子发芽也有影响。
2.不选强碱性化肥。窑灰钾肥、钢渣磷肥等强碱性肥料不宜做种肥。窑灰钾肥吸湿性强，吸水后放出大量热量，易烧坏种子和幼根。须作种肥时，必须与有机肥混合，施入播种沟穴内，再播种覆土。
3.不选未腐熟的农家肥。农村常用厩肥、人粪尿水等做种肥，如果未腐熟，在发酵过程中释放大量热能易烧根系，释放氨气灼伤幼苗。所以未腐熟的有机肥不要施用，经过堆沤高温发酵、充分腐熟后才能做种肥。 生产中，硫酸铵、过磷酸钙、重过磷酸钙、腐熟的有机肥均可作为种肥施用。
4.不选有腐蚀作用的肥料。碳酸氢铵、氨水具有挥发性和腐蚀性，易熏伤种子和幼苗，过磷酸钙含有游离态的硫酸和磷酸，对种子发芽和幼苗生长会造成伤害，一般不宜做种肥。这类肥料宜施在播种沟之下或与种子相隔一定的土层，或将过磷酸钙与土杂肥混合施用。
5.不选有毒害作用的肥料。尿素中含有少量的缩二脲，对种子和幼苗有毒害作用。
