为预防肥害发生，应科学施用化肥，最好深施;尿素不宜作种肥;过磷酸钙拌种用量不能过多;追施化肥一次不宜过多，最好是对水施或拌土施;碳铵不宜在高温时施用;石灰氮不能直接施用，要拌细土或农家肥，进行堆积沤制，待毒素消失后再用。
农作物是根毛表皮细胞的突起部分通过渗透作用进行吸收水分的。农作物根毛细胞溶液与根系周围的土壤溶液之间构成一个渗透系统。在正常情况下，根毛细胞的浓度比土壤溶液的浓度大，水分便从土壤中通过根细胞原生质向细胞液渗透，这样，农作物形成正常的生理吸收代谢。反之，土壤溶液浓度高于细胞液浓度，细胞内的水分便向细胞外扩散，形成反渗透作用，使细胞原生质失水与细胞壁分离，引起细胞干枯，停止生命活动，导致植株凋萎死亡。
若施肥浓度过大，特别是干旱天气施肥浓度过大，容易导致土壤溶液浓度大于根细胞液的浓度，使细胞失水发生细胞质、壁分离，从而使茎叶凋萎，特别是农作物苗期阶段，细胞液浓度更低，在施肥浓度过大时，更易产生肥害。
因此，施肥时应注意看天、看苗、看肥合理施用，坚持宜淡不宜浓的原则，防止农作物产生肥害。
毒害型肥害 有些化肥如石灰氮，如果直接施用，会在土壤中转化，分解过程中产生一种有毒物质，毒害作物根部。又如在水稻田施用过量的硫酸铵后，稻根会因硫化氢毒害变黑，引起作物受害乃至死亡。
其他肥害现象 用尿素作种肥或拌种，因尿素是高浓度肥料，又含有一定量的缩二脲，与种子接触后会影响其发芽，乃至使其丧失发芽力。又如过磷酸钙拌种，如用量过多，也会影响种子发芽。据试验，用1%的硼肥浸大豆种4小时后播种，完全不发芽。氯化肥过量会伤害氯敏感作物。
水型肥害 由于一次施用化肥过多，或施用浓度过大，或土壤水分不足，施肥后，土壤内肥料浓度大，引起作物细胞内水分反渗透，造成作物脱水，往往使作物出现萎蔫，像霜打或开水烫的一样，轻者影响作物正常生长发育，重者造成死亡。如水稻旱育苗床，稻苗二叶一心时，每平方米施尿素2公斤左右，就会发生反渗透而烧根，进而引起植株发黄，如不及时采取补救措施，就会造成死苗。
烧伤型肥害 有的化肥，如碳铵在气温比较高的情况下施用，容易产生大量氨气，烧伤作物叶片，轻者作物下部叶尖发黄，重者全株赤黄枯死。又如前所述，在旱育苗床，施尿素或其他速效性化肥时，盖上农膜，膜上的露珠因肥料浓度大，滴于稻苗叶片上，滴一点便形成一个烧伤似的叶斑。
