消耗作物贮存的糖分和能量
施用磷肥过量，会使作物从土壤中吸收过多的磷素营养，促使其呼吸作用大大增强。例如水稻吸收了过量的磷素，会使无效分蘖增加，叶片缩短，提早抽穗与成熟，引起减产。
诱发土壤缺锌
过量施用过磷酸钙，土壤中大量形成难溶性的磷酸锌盐，使作物出现明显缺锌症状;过量使用钙镁磷等碱性磷肥后，会使土壤碱化，理化性状逐渐变劣。玉米百化症、水稻僵苗坐蔸等就是由于作物得磷失锌的结果。同时，磷酸根例子还能抑制作物对硫、铜等微量元素的吸收。打破土壤养分平衡，导致作物发育不良。
作物得磷是硅
硅对许多作物的生长和高产具有十分积极作用。喜硅作物水稻，若不能从土壤中吸收到较多的硅素就会发生茎秆纤细，倒伏及抗病能力差等缺硅症状。
作物得磷缺钼
土壤中的磷和钼一般条件下十分“友好”，并能互相促进，彼此增效。但过多是用磷肥，常常发生“强磷”现象，有时还会造成两败俱伤，使作物对磷、钼都无法吸收利用。
土壤有害元素积累
磷肥主要来源于磷矿石，磷矿石中含有镉、铅、佛等有害元素。据国外报道，是用磷肥会引起土壤中的镉的增加，给人畜造成危害。尤其要警惕进口磷肥。
磷肥施用量以多少为宜?一般来讲，即使缺磷土壤，每亩也不能超过40公斤，以30-35公斤为宜。磷肥后效较长，每2-3年基施一次即可。
