生物肥料(微生物肥料)的种类较多，按照制品中特定的微生物种类可分为细菌肥料(如根瘤菌肥、固氮菌肥)、放线菌肥料(如抗生菌肥料)、真菌类肥料(如菌根真菌);按其作用机理分为根瘤菌肥料、固氮菌肥料(自生或联合共生类)、解磷菌类肥料、硅酸盐菌类肥料;按其制品内含分为单一的微生物肥料和复合(或复混)微生物肥料。复合微生物肥料又有菌、菌复合，也有菌和各种添加剂复合的。
中国目前市场上出现的品种主要有：固氮菌类肥料、根瘤菌类肥料、解磷微生物肥料、硅酸盐细菌肥料、光合细菌肥料、芽胞杆菌制剂、分解作物秸秆制剂、微生物生长调节剂类、复合微生物肥料类、与PGPR类联合使用的制剂以及AM菌根真菌肥料、抗生菌5406肥料等。
生物肥料的特点：微生物肥料是一类活菌制品，它的效能无不与其菌类活性及使用方法有直接的关系。
(1)料的核心是指品种特定的有效的活微生物，任何一款产品的有效活菌数都有明确的规定，有效活菌数降到一定数量时，它的作用也就没有了。
(2)微生物肥料是一类农用活菌制剂，从生产到使用都要注意给产品中微生物一个生存的合适环境，主要是水分含量、酸碱度、温度、载体中残糖含量、包装材料等等。
(3微生物肥料作为活菌制剂有一个有效期问题。此类产品刚生产出来时活菌含量较高，但随着保存时间和不同的运输、保存条件的变化，产品中的有效微生物数量逐渐减少，当减到一定数量时其有效作用显示不出来。因此，规定产品的有效期和正确使用意义重大。
(4)意适用作物和适用地区，是保证微生物肥料有效作用的重要保证。提倡有针对性地选育生产菌种，例如针对碱性土壤、酸性土壤的菌种，或是针对某特定作物的菌种。
除此之外，在施用技术上还要引起注意，同时也一定要看清产品是否有市场准入证。生物有机复合肥是汲取传统有机肥料之精华，结合现代生物技术，加工而成的高科技产品。其营养元素集速效、长效、增效为一体，具有提高农产品品质、抑制土传病害、增强作物抗逆性、促进作物早熟的作用，其主要特点是：
一是无污染、无公害。生物复合肥是天然有机物质与生物技术的有效组合。它所包含的菌剂，具有加速有机物质分解作用，为作物制造或转化速效养分提供“动力”。同时菌剂兼具有提高化肥利用率和活化土壤中潜在养分的作用。
二是配方科学、养分齐全。生物有机复合肥料一般是以有机物质为主体，配合少量的化学肥料，按照农作物的需肥规律和肥料特性进行科学配比，与生物“活化剂”完美组合，除含有氮、磷、钾大量营养元素和钙、镁、硫、铁、硼、锌、硒、钼等中微量元素外，还含有大量有机物质、腐殖酸类物质和保肥增效剂，养分齐全，速缓相济，供肥均衡，肥效持久。
三是活化土壤、增加肥效。生物肥料具有协助释放土壤中潜在养分的功效。对土壤中氮的转化率达到5—13.6%;对土壤中磷、钾的转化率可达到7—15.7%和8—16.6%。
四是低成本、高产出。在生育期较短的第三、四积温带，生物有机复合肥可替代化肥进行一次性施肥，降低生产成本。如大豆每亩施用生物复合专用肥30—40kg，玉米每亩施用专用肥50—75kg，一次性作底肥施入，不需追肥，既节省投资，又节省投工。与常规施用化肥相比，在等价投入的情况下，粮食作物每亩可增产10—20%。
五是提高产品品质、降低有害积累。由于生物复合肥中的活化剂和保肥增效剂的双重作用，可促进农作物中硝酸盐的转化，减少农产品硝酸盐的积累。与施用化学肥料相比，可使产品中硝酸盐含量降低20—30%，VC含量提高30—40%，可溶性糖可提高1—4度。产品口味好、保鲜时间长、耐储存。
六是有效提高耕地肥力、改善土壤供肥环境。生物肥中的活化菌所溢出的孢外多糖是土壤团粒结构的粘合剂，能够疏松土壤，增强土壤团粒结构，提高保水保肥能力，增加土壤有机质，活化土壤中的潜在养分。
七是抑制土传病害。生物肥能促进作物根际有益，微生物的增殖，改善作物根际生态环境。有益微生物和抗病因子的增加，还可明显地降低土传病害的侵染，降低重茬作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。
八是促进作物早熟。
生物肥料的作用：生物肥料(微生物肥料)的功效是一种综合作用，主要是与营养元素的来源和有效性有关，或与作物吸收营养、水分和抗病(虫)有关。总体来说，生物肥料(微生物肥料)的作用为以下几点：
1.增进土壤肥力施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源;解磷、解钾微生物肥料，可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，转变为作物能吸收利用的磷、钾化合物，改善作物的营养条件。
2.制造和协助农作物吸收营养根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空气中的氮素。微生物在繁殖中能产生大量的植物生长激素，刺激和调节作物生长，使植株生长健壮，促进对营养元素的吸收。
3.增强植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生长繁殖，抑制或减少了病原微生物的繁殖机会;抗病原微生物的作用，减轻作物的病害;微生物大量生长，菌丝能增加对水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
4.减少化肥的使用量和提高作物品质使用微生物肥料后对于提高农产品品质，如蛋白质、糖分、维生素等的含量上有一定作用，有的可以减少硝酸盐的积累。在有些情况下，品质的改善比产量提高好处更大。
