随着大棚生产的发展，多种棚菜给农民带来了明显的经济效益，但是在大棚使用多年后，病害尤其是土传病害也日趋严重，成为增产增收的制约因素，已成为棚菜生产中必须引起重视的问题，解决重茬病最好采用综合措施。
实行轮作倒茬。即根据不同蔬菜作物的要求，间隔一定时期再种植，最好进行水旱轮作，如辣椒腾茬后种植一季水稻，或栽植水生蔬菜莲藕等，对防止土传病害效果好。
采用嫁接栽植。即利用耐(抗)病砧木嫁接栽植，提高蔬菜的抗病性，西瓜、黄瓜、番茄、茄子常遭黄萎病、枯萎病、根腐病、青枯病等致命性病害的危害，一旦发病，面临绝产和换茬。嫁接能很好地防止这些病害的发生，据测定，嫁接后西瓜、黄瓜、番茄、茄子病害发生率为零，而未嫁接的西瓜种植三年的发病率为90%，黄瓜种植3-5年后发病率为30-50%。
进行无土栽培。即不用土壤而是用营养液栽种蔬菜的方法。采用这种方法节水节肥，产量高，品质好，无污染公害，生产快，效益好，可从根本上解决土传重茬病的问题，特别适合于工厂化的生产。无土栽培不受地域限制，广泛应用于多种蔬菜的生产，但技术要求比较严格。
药剂消毒。大棚蔬菜腾茬后，对棚内进行药剂消毒也有较好的效果。如防治真菌性病害可选用30%土菌消500-800倍液喷淋;也可用根腐宁或恶霉灵500-1000倍液喷淋或按每亩用药3-5公斤拌适量细土均匀撒施;防治青枯病、软腐病等细菌性病害，可选用80%水合霉素1000倍液、72%农用链霉素3000-5000倍液或络氨铜适量喷淋。用这些药剂进行土壤消毒应在播种前进行。
高温闷棚。高温闷棚是一种预防蔬菜重茬病害经济有效的方法，即利用太阳能高温处理，消毒灭菌。具体方法是每年6-9月的高温阶段，一般在7月上旬至8月下旬进行，成本低、污染小、操作简单、效果好。利用两茬作物种植的间隔期，或结合换茬的整地施肥进行，杀死基施有机肥中的病菌。
可按以下步骤进行。一是整地施肥。结合精细整地施入农家肥，可提高和维持地温，消毒效果更好。地整好后做垄或做高低畦，使地膜与地面之间形成一定空间，有利于提高地温。二是灌水。土壤含水量与消毒效果密切相关，含水量过高，不利于提高地温，含水量过低，杀菌效果不佳，以田间最大持水量60%时灭菌效果最好。三是药物处理。把氯化苦注射到畦内，每50平方厘米挖一个穴(深10-15厘米)，每穴注4毫升，然后盖上地膜。在密闭大棚前对棚内物体表面喷施一次杀菌剂和杀虫剂。四是密闭大棚，利用大棚膜和地膜进行双层覆盖。据测定，闷棚期间温室内温度可达52℃以上，地表下10厘米处最高地温可达70℃，20厘米处可达45℃，杀菌率可达80%以上。绝大多数病菌如菌核病、立枯病、黄萎病、疫病等病菌不耐高温，经10天左右热处理即可杀死，而根腐病、根肿病和枯萎病等土传病害，分布在较深土层中，必须处理30-50天才能收到较好的效果。因此，应结合棚内所种作物及相应病菌的抗热能力来确定闷棚消毒灭菌时间，采用大棚高温灭菌方法，消毒效果一般能持续2年。
