棉籽种皮厚，一般在种皮表面附有短绒，导热性很差，在低温干燥条件下贮藏，寿命可达10年以上，在农作物种子中是属于长命的类型。但如果水分和温度较高，就很容易变质，生活力在几个月内完全丧失。
(一)耐藏性好
成熟后的棉籽，种皮结构致密而坚硬，外有蜡质层可防外界温、湿度的影响。种皮内含有约7.6%左右的鞣酸物质，具有一定的抗菌作用。所以，从生物学角度讲，棉籽属于长寿命种子。但是未成熟种子则种皮疏松皱缩，抵御外界温、湿度的影响能力较差，寿命也较短。一般从霜前花轧出的棉籽，内容物质充实饱满，种壳坚硬，比较耐贮藏。而从霜后花轧出的棉籽，种皮柔软，内容物质松瘪，在相同条件下，水分比霜前采收的棉籽为高，生理活性也较强，因此耐藏性较差。
棉籽的不孕粒比例较高，据统计，中棉约占10%左右，陆地棉约占18%左右。棉籽经过轧花后机械损伤粒比较多，一般占15%～29%，特别是经过轧短绒处理后的种子，机损率有时可高达30%～40%。上述这些种子本身生理活性较强，又易受贮藏环境中各种因素的影响，不耐贮藏。
棉籽入库前，要进行一次检验，其安全标准为：水分不超过11%～12%，杂质不超过0.5%，发芽率应在90%以上，无霉烂粒，无病虫粒，无破损粒，霜前花籽与霜后花籽不可混在一起，后者通常不作留种用。
(二)通气性差
一般的棉籽表面着生单细胞纤维称为棉绒。轧花之后仍留在棉籽上的部分棉绒称为短绒，约占种子重量的55%左右，它的导热性较差，具有相当好的保温能力，不易受外界温、湿度的影响。如果棉籽堆内温度较低时，则能延长低温时间，相反堆内的热量也不易向外散发。短绒属于死坏物质易吸附水分子，在潮湿条件下易孽生霉菌，相对湿度在84%～90%时霉菌生长很快，放出大量热量，积累在棉籽堆内而不能散发引起发热，干燥的棉籽很容易燃烧，在贮藏期间要特别注意防火工作。
(三)含油分多，易酸败
棉籽的脂肪含量较高，约在20%左右，其中不饱和脂肪酸含量比较高，易受高温、高湿的影响使脂肪酸败。特别是霜后花中轧出的种子，更易酸败而丧失生活力。棉籽入库后的主要害虫是棉红铃虫，幼虫由田间带入，可在仓内继续蛀食棉籽，危害较大。幼虫在仓内越冬，到第2年春暖后羽化为成虫飞回田间。因此，棉籽入库前后做好防虫灭虫工作十分重要。
留种用的棉籽短绒上会带有病菌，可用脱短绒机或用浓硫酸将短绒除去，以消除这些病菌，并可节约仓容，来春播种时也比较方便，种子不至互相缠结，使播种落子均匀，对吸水发芽也有一定促进作用。但应注意脱去绒的棉籽在贮藏中容易发热，须加强检查和适当通风。
