蔬菜病原性病害包括真菌病害、病毒病害与细菌病害。缺素症又称生理性病害，是蔬菜作物缺乏某种营养元素所表现出的特异症状。一般来说，二者在外观上差异较大。但有时病原性病害与缺素症在外观表现上会很相似，特别是在发病初期，这给病害防治带来一定困难。在这种情况下，可从以下三个方面综合考虑进行区分。
一、看病症与土壤的关系
蔬菜病原性病害与土壤类型、特性大多无特殊关系。无论何种土壤类型，如有病原，都可在氮肥施用量偏高而又不注意磷钾肥配合施用的情况下发生。作物缺素症的出现则与土壤类型、特性有明显关系。如北方土壤pH值偏高，不易缺钼;而南方酸性土壤易缺乏钼元素，缺钼植株就表现为生长不良、矮小、呈鞭尾状叶、杯状叶或黄斑状叶等。对于不同营养水平的土壤，都可发生某种或某些缺素症，但瘠薄土壤多发。
二、看病症发生发展的过程
蔬菜病原性病害具有传染性，一般具有明显的发病中心，然后迅速向四周扩散，通常成片发生，若不及时防治，可给蔬菜生长造成很大危害。而缺素症一般无发病中心，以散发为多，如果不采取补救措施，会严重影响产量和品质。
三、看病症与天气的关系
蔬菜病原性病害一般在阴天、湿度大的天气多发或重发，植株群体郁蔽时更易发生。应注意观察天气及植株群体长势状况，及早防治。缺素症与空气湿度关系不大。但土壤长期积水或干旱可促使某些缺素症发生。如长期积水可导致植株缺钾，表现为叶片自下而上叶缘焦枯，象火燎一样。土壤含水量不稳定，忽高忽低，容易引发缺钙，导致脐腐病、心腐病、假黑星病、芹菜茎裂病等生理病害发生，同时也会不同程度地影响瓜果蔬菜的花芽分化。
