一、热入仓杀虫：通过暴晒和入仓密闭过程，杀死害虫、病菌。具体方法是：利用夏季高温曝晒小麦，麦温达到50～52℃，保持2小时，然后迅速入库堆放，平整粮面后，用晒热的席子、草帘等覆盖粮面，密闭门窗保温。
二、低温密闭杀虫：将小麦在秋凉以后进行自然通风或机械通风充分散热，然后趁冷密闭，对消灭越冬害虫，延缓外界高温影响，效果良好。
三、自然缺氧杀虫：小麦经过20～30天的密闭自然缺氧，氧气浓度可降到1.8%～3.5%，可达到防虫、防霉的目的。
四、药剂熏蒸杀虫：常规保管的小麦仓使用磷化铝投药量为15克/吨左右。每片3.3克可熏蒸300公斤小麦。密闭4-7天后开仓通风，通风时间不能少于4天。
五、其他杀虫方法：对于少量种子的贮藏可用以下方法。1.用80%敌敌畏乳油50—100倍液喷洒于盖在种子表面的报纸上，密闭2—3天，然后揭开报纸散气。2.玉米象危害时，先暴晒麦种，再用马拉硫磷20克对水100克拌麦糠500克，将毒麦糠均匀拌于种子内，一起入仓。
小麦贮藏期间的主要害虫是麦蛾、玉米象、谷蠹、大谷盗、赤拟谷盗等。由于小麦收获季节气温较高，利于储粮害虫的生长与繁殖，严重影响贮藏小麦的品质。
