在寒冷的冬天，西瓜苗的保温管理措施是非常有必要的，具体做法如下：
改善育苗棚的保温加温措施，用聚氰乙烯无滴膜代替聚乙烯薄膜，保温及性能得到很大提高，能提高棚温1℃~2℃，棚内应设有火墙或加热炉等临时加热设备。在必要时进行人工增温。
西瓜和砧木种子进行低温处理，增强幼苗的抗寒力把浸种后将要催芽的种子，放在0℃左右的冷冻环境中24小时，然后置于适温条件下催芽，当种子露白时，每天用-1℃处理12~18小时。转到18℃处理12~6小时，共处理3~5天，然后放在适温的条件下催芽。
加强嫁接后的管理嫁接后1周内是伤口愈合阶段，棚温应保持在20℃~30℃。夜间低于18℃时，应进行人工增温，嫁接苗床3~6天应严格密封，保持床内相对温度，前3天要完全遮荫，只能透过微弱的散射光，第4天逐渐见光，6天后逐渐通风，第7天后撤掉遮荫物和加大通风量。使嫁接苗适应正常苗床环境。
加强灾害性天气间的管理连阴、雨雪、强寒流等恶劣天气期间的管理是育苗成败的重要环节。注意收听天气预报，在寒流到来之前采取保温增温措施。在雨雪天时必须在草苫上盖二层薄膜。连阴天时，在不产生冻害的前提下尽可能增加光照。若揭苫后床温下降，就应揭开草苫，下午3时前盖上。若床温略有下降，可随揭随盖。切勿几日不揭苫，有雨雪时要在雨雪暂停间隙随揭随盖草苫，长时间光照不足，可用日光灯进行人工补光。久阴乍晴后揭苫要缓慢进行，否则易造成闪苗甚至倒苗。若发现幼苗有萎焉现象，应随即覆盖遮荫，等瓜苗恢复正常后再揭。如此反复几次，直到不萎焉为止。再把草苫全部揭开，之后进入正常管理。
