1、病害
棉花立枯病、炭疽病、猝倒病是造成棉苗成片死苗的重要原因。尽管现在大多采用的是包衣棉种，也作了消毒处理，但土壤内的病菌常传播病害，必须在苗床播种前后对营养钵土和覆盖细土进行消毒处理，预防土传病害入侵。
⑴用2.5%适乐时种衣剂10毫升兑水5公斤，浇10平方米的苗床，或用10毫升兑水10公斤在苗期喷雾。
⑵用恶霉灵30%水剂1000~1500倍液在苗期喷雾或灌根。
⑶多菌灵或甲基托布津喷雾;四可用嘉斯顿棉花专用土壤消毒肥拌土制营养钵，每亩5公斤加1~1.5公斤多元复合肥。
2、虫害
主要是地老虎、蚜虫。蚜虫很易防治，对地老虎等地下害虫：
⑴用地特灵颗粒剂400~600克，拌土做钵2500~3000个。
⑵用卡本斯40%乳油1000倍液于苗期喷雾。
3、药害
⑴选用的药剂不对路。
⑵用药浓度过大或同一时间重复用药，都会使棉苗叶片灼伤焦枯，有的甚至枯死，这就要求要选择对路农药品种，按照剂量用药。
