菇棚的生长环境在菌类作物生长的时候还是要注意的，并且研究发现其中含有危害人体的因素，需要进行消毒。
对于基地型生产，我们一直强调这个“环境”的改善问题，在无法做到大面积治理的条件下，在基地内可强化消毒杀菌措施，对栽培棚外包括操作场地周边，清理卫生，对厩厕、垃圾等需严格清理，尤其要彻底清理污染菌袋以及菌糠废料等，并喷洒高浓度多菌灵、辛硫磷混合液等进行杀菌杀虫，环境差者应连续用药两次。
新菇棚的消毒处理 棚内可使用百病去无踪、辛硫磷等药物，一般用量为1袋百病去无踪配50克辛硫磷，喷30平方米左右，用药目标为地面、墙体以及立柱等，要求地毯式喷洒，然后密封菇棚，卷起草苫晒棚，密封2天后即可进袋发菌或出菇;发菌和出菇期间的预防用药，可每5天左右喷洒一次蘑菇杀病灵或百病去无踪，但注意不要直喷子实体。
旧菇棚的消毒处理 连续使用多年的菇棚，棚内不可避免地存有相当数量的杂菌和病原菌孢子以及害虫，因此，彻底进行消毒处理非常必要。一般可按1袋百病去无踪配40克辛硫磷药物，地毯式喷洒20平方米左右，然后密封菇棚，卷起草苫晒棚，密封2天后，再次用药并继续密闭晒棚，2～7天后，方可进袋发菌。
在气候潮湿多雨，尤其早秋栽培蘑菇，气温较高，更要做好消毒工作。对蘑菇生产来说，也是一个值得注意的信号，因此，建议8～10月份进行栽培的菇农，在处理菇棚前，最好先将棚中灌入大水，待水下渗后，参照上述进行药物消毒，然后，在菌袋入棚前，在棚内按每平方米0.25公斤用量撒铺新鲜石灰粉，之后再移入菌袋;可降低棚温，并最大限度地抑制某些杂菌病原菌的活性，从而降低病害的发生率。
