1、与地块性质有关。一般低洼地发生较重，岗地或阳坡地较轻。
2、与种衣剂类型有关。种衣剂使用不当，或包衣时间过长都会造成这种现象。
3、播种过早、过深。玉米出苗时间较长，遇恶劣天气如短时冻害或较长时间低温，种子自身免疫功能下降，抵抗病毒能力弱，受病毒侵染出现烂根、黄芽现象。
4、种肥隔离不好。种子胚萌动露出胚根，后出胚芽，与肥接触，破坏胚组织，出现腐烂现象。
5、与水分、温度、氧气有关。土壤水分70%时，出苗快、出苗率高。当土壤水分80%以上时，因土壤水分过多，空气不足，容易烂种，影响出苗。玉米种子一般在12～15℃时开始发芽，但发芽极慢，容易受病菌侵染，甚至烂种缺苗;在20℃时发芽较为适宜，25～35℃时发芽最快，超过40℃则不利于发芽。氧气是种子发芽的必要条件，若土壤太湿，或播种太深，或播后遇雨土壤板结等，都会引起氧气不足，使出苗时间延长，消耗养分增多，幼苗瘦弱。
