在气温高、湿度大的环境下蘑菇易发生病虫害，为了有效地防治需分阶段进行防治，大体可分为栽培发菌阶段和出菇阶段。
一、栽培发菌阶段防病措施
由于高湿度的影响，使得栽培发菌成功率大为降低，主要表现为发菌缓慢、菌丝无力、污染率高等。主要措施：
1.菌种脱毒、调配基料：脱毒菌种可确保自身不携带病毒病菌，并有效提高抗性，这是生产的基础。研究证明，每250公斤棉籽壳原料中，加入50克食用菌三维营养精素(拌料型)，即可获得菌丝旺盛、抗性提高、长速加快、污染率和发病率大为降低等诸多效果。
2.严格培养消毒。培养棚内的彻底消毒杀菌，是发菌成功的重要保证条件之一。生产中对培养室(棚)内喷洒百病去无踪或百病傻，密闭2天后即可启用，在发菌期间，每5天左右喷洒一遍赛百09药物或蘑菇杀病灵，是行之有效的预防措施。
3.坚持通气排湿。一方面，坚持晴朗天气的晚间和早上通风，使之空气新鲜;另一方面，培养室(棚)内放置生石灰块，使之降湿。但应注意，在无空调降温的条件下，应采取诸如强制通风等措施，细心管理，以确保发菌的成功。
二、出菇阶段的防治措施
实践证明，对食用菌生产中的病害，转变传统重“治”轻“防”观念，坚持“以防为主，防治并重”的原则，即可收到事半功倍的防治效果。生产中可参考下列措施：
1.菇棚内外进行消杀。在清理卫生的基础上，棚外喷洒800倍多菌灵药液，棚内使用百病去无踪或赛百09进行地毯式喷洒，环境较差、老栽培棚可喷2次，曝晒2天后即可启用。
2.拌料时加入赛百09药物，抑杀杂菌效果好，药物残留低，可有效降低发菌污染率。
3.出菇阶段定期使用药物以保持良好环境。一般可使用赛百09药物对菇棚进行喷洒，环境较差的可使用百病傻药物，每5天喷1次，抑制或杀灭后来的病原菌等，以保持环境的相对洁净。
4.发现病害彻底杀灭。上述措施配套使用，在环境日渐恶化的今天，仍难以保证100%的不发病。因此，生产中应注意观察，发现菌袋有病菌迹象时，即应对患处使用消霉王等农药予以杀灭，也可采用赛百09浸洗菌袋;当子实体初发病害，即应根据病症表现或病原菌品种予以用药，切忌“病急乱投医”。
