近年来，辣椒病毒病发生较重，辣椒一旦受到病毒病严重危害，只长茎叶不长果实，最终导致辣椒减产，甚至绝产。常见辣椒病害：辣椒灰霉病、辣椒病毒病、辣椒疫病。
一、病毒病的种类及识别
辣椒病毒病主要有花叶型、畸形、坏死型、条斑型。其中坏死型发病急，蔓延速度快，危害大。花叶型发病时植株项部叶片呈明显黄绿相间魄花叶，有的叶面皱缩，明显的褐绿斑驳，是常见的一种病毒。畸形(厥叶型或卷叶型)病毒，叶片畸形，初期有心叶叶脉皱缩，以后病叶增厚，叶缘向上卷曲，幼叶狭窄或出现线状，后期植株上部明显呈丛簇状，节间短，植株矮小，结辣椒少或不结辣椒。坏死病是病株顶部叶片基部或沿主脉变褐坏死，有的幼花柄部变褐坏死，引起落叶、落花、落果，顶端呈光杆。而条斑病主要发生在后期果实上，多是从果尖至上半部出现褐色条斑，凹陷、果实变黄。
二、发病规律
辣椒病毒病的主要病源是烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒。花叶型、条斑型病毒是由烟草花叶病毒侵染引起的，它毒力强，可侵染多种植物，烟草花叶病毒在土壤中的病残体、种子或卷烟中过冬，主要通过田间农事操作，由叶片质液接触传播，特别遇到高温、干旱天气，有利于蚜虫繁殖传播。畸形病是由黄瓜花叶病毒侵染引起，寄生范围很广，主要在多年生杂草及保护地蔬菜上越冬，翌年由蚜虫传播。此外，重茬，干旱缺水，土壤缺钙、缺钾、缺锌，管理粗放，苗小、定植晚等，均易引起该病流行。
三、防治方法
1、农业措施。
⑴选用抗病品种。一般叶细长、果实为牛角形或羊角形的辣椒比叶大而阔、果实为灯笼形的甜椒抗病毒病，耐热品种比耐寒品种抗病毒病。较抗病的甜椒品种有农大22号、农发甜椒、农乐甜椒、中椒5号、充州1号等。
⑵种子消毒处理。用10%磷酸三钠溶液浸种20-30分钟，洗净。或将充分干燥的种子置于70℃的恒温箱内干热处理3天。
⑶苗床消毒。选择新茬地块，起出苗床土，每立方米土加50%多菌灵100克拌匀过筛后填于苗床内，再用50%多菌灵加50%乙磷铝锰锌，按每平米各10克加细干土拌匀，撒入畦面划锄入土。
⑷适时浇水。高温时可5-10天浇次水，增大温差减轻发病。
⑸间作遮阳。采用先进技术，推广应用遮阳网，防止高温和烈日曝晒。
⑹采用与玉米、虹豆、菜豆、瓜类等高秆作物间作，避免强光高温危害。
2、治虫防病。幼苗期，定植缓苗期及中后期及早治蚜虫防病。
3、农药防治。目前防治病毒病尚无特效药物，应以“预防为主”，根据现有的药物配合使用，尽量抑制病毒病的发生。
⑴用5%菌毒清300倍液，1.5%植病灵500倍，硫酸锌800倍(或高锰酸钾1000倍)再加入绿芬威1号1000倍。
⑵用5%菌毒清300倍，20%病毒A500倍，磷酸三钠500倍，再加黄腐盐。
⑶2.8%克病灵500倍，辣椒灵1000倍再加叶面肥等。
