香蕉抽蕾后的管理极为重要，因为抽蕾后植株已不再长叶片，根系的抽生也基本上停止。故对叶片和根系的保护很重要，这在肥水管理和病虫害防治方面均有论述。这里仅讲对花穗的管理及保护。
1.校蕾
香蕉花蕾抽出后，有些叶片会妨碍其下垂，尤其是密植蕉园。因此要及时校蕾，把妨碍花蕾下垂的叶片拨开或刮掉。
2.断蕾和疏果
雌花花苞开后，接着就是雄花，有时介有1～2梳中性花。一般雄花开1～2梳后就要断去花蕾，以减少养分的消耗。最近台湾学者认为，断蕾须视果穗的下弯与果实的上弯情况而定，果实上弯好的宜早些断蕾，上弯差的宜迟些断蕾。蕾的存在有利于果实尤其是第一二梳果的上弯。断蕾宜于晴天进行，以免果轴断口腐烂。最好是晴天下午断蕾，据说是下午断蕾蕉乳流量会少些。
果穗的果数太多，对蕉指的增长增粗不利，也会影响果穗上下大小的匀称。果穗的梳数和果数依品种和植株的长势而定。通常雪蕉6～8梳，130～140果;正造蕉8～10梳，150～180果已足够。果数大多时应疏去末尾1～3梳，有些头梳果数较少而梳形不好的也可疏去。疏果通常与断蕾一起操作，疏果后的末梳最好留1只果生长，以防果轴往上腐烂。据喀麦隆学者介绍，近来一些国家如日本等商人，香蕉以整梳销售，对每梳的果数也有严格的规定。这就要求果数太多的果梳，要疏去不合规定的果，通常以开花后未上弯时留定每梳果数，多余的果疏去。
3.果穗的喷药与套袋
香蕉嫩果易受病虫侵害。病害主要是黑星病、炭疽病等，虫害主要为花蓟马等。花蓟马在抽蕾后未开苞时已进入花蕾为害嫩果，故现蕾后就应喷药防治。防病通常在套袋前喷药。有时为增加果指长度，在断蕾时对果穗喷植物激素及营养剂激素主要有2,4-D，920等，营养剂主要有磷酸二氢钾、尿素、植宝素、等，效果不错。但嫩果抗性差，浓度太高会造成药害，必须小心应用，尤其是2，4-D激素。
果实套袋对减少病害通过雨水传播，提高药物对病虫害的防治效果，减少果实的机械伤，改善果实的生长环境，促进果实的发育，提高果实的质量和产量有很大的作用。果实套袋可提高袋内温度，晴天增温效果明显，通常增温1～3C，阴天、雨天增温效果较差，晚上基本不增温。在低温季节，由于套袋白天可增温，增加了果实的有效积温，收获期可提早10～20天，也可减少寒风对果实的直接吹打，降低冷害程度。据福建报道，双层薄膜比单层薄膜袋防冷增温效果更好，故果穗套袋已成为低温季节果实防寒的重要措施。在果实病害严重的旧蕉区，雨季套袋也是提高果实商品质量的重要措施。但在夏秋季，果实套袋后在阳光直射时温度可达43℃，容易造成高温灼伤果实。应避免套袋果穗曝晒，可用蕉叶、报纸等将果穗遮荫。我国目前普遍采用的香蕉袋多为0.02～0.03毫米的蓝色薄膜袋，一般长1.2米，宽(周)1.6米，两头通。高温季节蕉农用纤维蛇皮袋套果，效果也不错，不会灼伤果实。台湾试验用纸袋和双层蓝色塑料薄膜袋对防止果实两段着色有很好的效果。国外为防灼伤用白色不透明的袋或一面蓝色一面银灰色的薄膜袋，夏季用的袋还将袋打孔通气，有的还在袋内喷些防病虫害的农药。
