菠菜苗期至成株期根部遭受多种病原菌侵染，引起根腐，导致死苗、死株，可造成重大损失。棚室栽培的菠菜需加强发病监测和防治。
【症 状】各种病原菌侵染根部，引起主根和侧根变褐色和黑色，腐烂，地上部茎叶变黄，萎蔫，甚至枯死。
1.猝倒病 腐霉菌多在种子发芽后到真叶展开前侵染根部。幼根变褐软腐，病株基部也呈褐色腐烂，近地面处缢缩，病茁很快倒伏，仍保持绿色，此种症状称为“猝倒”。苗期症状不易与立枯丝核菌病变区分，两菌多复合侵染。
2.立枯病(株腐病)立枯丝核菌侵染引起种子腐烂，幼芽和幼根腐烂，幼苗近地面部位褐变缢缩，叶片萎蔫。成株发病，主根近地面部分黑腐，接触地面的叶柄也变黑褐色腐烂。越冬菠菜的根颈部和根部发病多。病株外叶黄枯，严重的整株腐烂死亡。中、下部叶片被侵染，形成不规则形病斑，灰白色至灰绿色，以后病叶坏死穿孔。在潮湿条件下，病部和附近地面生出稀疏的褐色蛛丝网状菌丝。
3.黑根病丝囊霉也侵染幼苗，使幼根水浸状腐烂，变黑褐色，叶片黄变，植株停止生长。有时菠菜长到30余厘米高时，地下根发黑腐烂，叶片萎黄下垂。
4.枯萎病和镰刀菌根腐病 尖镰孢在4～6叶期到收获前都可侵染。主根和侧根顶端以及侧根基部变褐色至黑褐色，维管束导管褐变，称为枯萎病。其他种类的镰刀菌引起根腐和茎基部腐烂，称为根腐病。严重时主根与侧根腐烂脱落，外叶黄化萎蔫，并逐步向内侧扩展，以至全株枯死。
5.黏菌病病苗或病株根部生长停滞，不生新根，无根毛，根表皮呈浅红色湿润状。地上部分由外叶开始褪绿变黄，以后变褐腐烂，并向新叶发展。以至全株枯死倒伏。病株往往矮缩，新叶扭曲。地表有病原菌菌体相互集结形成的紫红色至紫褐色的胶质物。
【病原菌】引起幼苗和成株根腐的病原菌较多，猝倒病是由多种腐霉菌Pythium spp.侵染引起的，立枯病的病原菌是立枯丝核菌Rhizoctonia solani Kuhn，黑根病的病原菌是丝囊霉A phanomyces sp.。尖孢镰刀菌Fusarium oxysPo-rum, f.sp.sp/nac/ae(Sherbakoff) Snyder et Hansen引起枯萎病。黏菌病的病原是尚未鉴定的黏菌。各种病原菌除能单独侵染外，2种或多种病原菌还常复合侵染。
【发病规律】各种病原菌在土壤中或病残体中越冬或越夏，在土壤中可以长期存活。越季病原菌在适宜的条件下侵入根部，引起发病。病原菌可随雨水、灌溉水、农机具、土壤和有机肥传播蔓延。此外，立枯丝核菌还可通过菌丝接触而传染。腐霉菌和丝囊霉在低温多湿时多发，越冬菠菜病重。镰刀菌根腐病和立枯丝核菌在温度、湿度较高时多发，夏收菠菜病重。连作田的土壤带菌量高，发病重，地下害虫较多的田块，给植株造成较多伤口，发病加重。黏菌病在使用未腐熟有机肥，土壤潮湿，光照不足时发病多。
【防治方法】 病地不连作，不用作苗床，换种谷类作物，要精细整地，施用不带病残体的腐熟基肥。加强苗期管理，防冻保温，保持土壤干湿适度，适时放风透气，及时除草、间苗。采用高畦或半高垄栽培，合理灌溉，防止田间积水。
黏菌病发生地块在种植前要深翻，晾晒土壤，可施用适量细沙、草木灰、生石灰等改良黏重土壤;实行条播，出苗后行间浅中耕，增强土壤通透性并破坏菌体结构。控制过多浇水，降低土壤湿度，夏季栽培的适时浇水，浇后划锄。
发现病株后立即拔除，病穴及临近植株用药液浇灌根。可选用杀菌剂有30%噁霉灵水剂600倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂800液，或88%水合霉素可湿性粉剂600倍液，或护苗(30%苯甲·丙环唑水剂)600倍液，每株100—150毫升。发病前或发病初期还可用30%噁霉灵水剂1000—1200倍，或40%乙磷铝可湿性粉剂300倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500～600倍液，或菌可净(72.2%霜霉威水剂)600～800倍液，叶面喷施。
