黑木耳的常见杂菌有：1.木霉：木霉主要发生在菌种瓶(袋)未萌发的料内和没有彻底清除的耳基上，若不及时处理，扩大蔓延很快，病区木耳菌丝不能生长或生长不良。防治措施：培养基灭菌要彻底，菌袋出耳期间发生木霉，可先将菌袋置于阳光下晾晒1~2天，再用0.2%或0.1%高锰酸钾或0.2%多菌灵溶液喷洒消毒。2.毛霉与根霉：其危害是隔绝氧气，争夺养分和水，分泌毒素，影响黑木耳菌丝的生长。防治措施与木霉相同。3.链孢霉：主要危害是与黑木耳菌丝争夺营养。多在生产木耳菌袋时发生，威胁很大。防治措施：生产尽可避开高温季节，接种宜采用套袋法，避免菌袋间互相污染。发现链孢霉应及时捡出，并在其场地喷打0.2%多菌灵或漂白粉溶液。
