1.清理料面。在秋菇采收后，要及时清理床面死菇、老菌块及干瘪发黄的老菌丝，避免孳生杂菌。
2.及时通风。秋菇经过50多天保湿催菇，菇房湿度大，培养料及覆盖土含水量较高，不利菌丝恢复生长。为此，料面清理结束后，应将菇房门窗打开，进行通风，并在料面上用尖木棍打洞，以排出料内水分和废气，促进菌丝恢复生长。要保持室内空气清新，一般每天中午通风1至2小时，气温低时，暂停通风，室内温度最好保持在3至4℃之间。
3.补充营养。取家畜尿与过磷酸钙按200:5的比例混合，然后煮沸，冷却后喷施菇床。同时，调整覆盖土的pH值为7至7.5，并用细土覆盖露出床面的菌丝体。
4.松土和除老根。对菌丝生长较好的菌床，打洞撬料，改善料内通气情况，清除发黄的老菌根和死菇，注意不要损伤菌丝体，再将土铺平。对菌丝生长差的菌床，可将覆土拨在一边，在床面上撒一层经过发酵的培养料，再将原来的土抹平，并将水补足。
5.水分和保温管理。冬季气候干燥，必须对床面适当喷水使土层保持一定湿度，以利菌丝生长。喷水时可结合施一些微肥，要防止喷水使土面过湿，避免低温结冰。菇床经上述处理后，关闭所有门窗。如在下雪或下霜天气，门窗外面还要加盖草帘或棉被。
