主要危害叶片，也能危害茎、果实和果柄，苗期和成株期均可染病。
叶片染病，由下部老熟叶片先发病，再向植株上部蔓延，发病初始产生水渍状小圆点斑，扩大后病斑暗褐色，圆形或近圆形，将病叶对光透视时可见病斑周缘具黄色晕圈，发病中后期病斑变为褐色或黑色，如病斑发生在叶脉上，可沿叶脉连续串生多个病斑，叶片因病致畸。
茎染病，初始产生水渍状小点，扩大后病斑暗绿色，圆形至椭圆形，病斑边缘稍隆起，呈疮痂状。
果实和果柄染病，初始产生水渍状小斑点，稍大后病斑呈褐色，圆形至椭圆形，逐渐扩大后病斑转成黑色，中央形成木栓化疮痂。
苗期染病，主要发生在叶片上，产生圆形或近圆形暗褐色斑，周缘具黄色晕圈。
本病区别于细菌性疮痂病的是果实不腐烂，茎杆、叶片发病维管束系统、木质部不变褐色。
发生规律
病原菌主要以带病种子越冬，这是向新菜区传播的主要途径，播种带菌的种子，幼苗期即可染病。此外病菌也可随病株残余组织遗留在田间越冬，病菌在干燥的残余组织内可长期成活，并成为翌年初侵染源。田间发病后，病原细菌通过雨水反溅、雨露或保护地棚内浇水等传染途径，在植株表面具水滴或水膜的条件下，从植株自然气孔或伤口侵入，在寄主的薄壁组织细胞间隙繁殖蔓延，破坏寄主细胞并进入细胞内，在田间进行多次重复再侵染，加重危害。
病菌喜温暖潮湿的环境，适宜发病的温度范围18—28℃;最适发病环境为温度20～25℃，相对湿度90%以上;最适感病生育期为育苗末期至定植坐果前后。发病潜育期7—15天。15℃以下、30℃以上基本不发病，病菌生长发育最适温度27—30℃。
番茄细菌性斑点病是近年发展保护地生产后出现的新病害，上海地区目前只有零星发生(在邻城近郊的老菜区多发)，主要发病盛期在春季3—5月。发病的年份多为早春温度偏高、多雨，保护地处在地势低洼、排水不良、浇水使用河道污水、关棚时间过长等因素造成。适宜发病的栽培条件为20-25℃的温度;植株表面有水滴或湿润状态，是导致发病的重要条件。另外向阳面的果实易感病，特别是日灼受伤的果实容易感病;棚边缘的植株易受强风雨打、造成伤口而发病重。管理粗放，浇水多，排水不良，雨后积水，肥料不足或偏施氮肥，会加重病害发生。
防治措施
(1)选种：从无病留种株上采收种子，选用无病种子。
(2)种子处理：引进商品种子在播前要做好种子处理，可用55℃温汤浸种10分钟后移人冷水中冷却，捞出晾干后催芽播种。
(3)茬口轮作：重发病田块提倡与其他作物实行2—3年轮作，以减少田间病菌来源。
(4)加强田间管理：开好排水沟系以降低地下水位，合理密植，适时开棚通风换气降低棚内湿度，增施磷、钾肥，提高植株抗病性，浇水要用清洁的水源。
(5)清洁田园：发病初期及时整枝打权，摘除病叶、老叶，收获后清洁田园，清除病残体，并带出田外深埋或烧毁，深翻土壤，保护地灌水闷棚，高温高湿可促使残余组织的分解和腐烂，降低病原菌的存活率，减少再侵染菌源。
(6)化学防治：在发病初期开始喷药，每隔7一10天喷药1次，连续防治2～3次。药剂可选47%加瑞农可湿性粉剂600—800倍液(666.6平方米用药量125—165克)，72。2%普力克水溶性液剂700倍液(666.6平方米用药量130克)，丰护胺可湿性粉剂800倍液(666.6平方米用药量125克)，30%DT可湿性粉剂600倍液(666.6平方米用药量165克)，77%可杀得可湿性粉剂700倍液(666.6平方米用药量130克)等。
