1、加强种薯、薯苗调运检疫。切实做好种薯、薯苗的检疫，严禁病区种薯种苗调入无病区，对引进的可疑种薯种苗应进行药剂处理，并加强对商品粮红薯、薯干的调运检疫。
2、彻底处理病残体。腐烂茎线虫主要靠病薯、病蔓、病薯拐传播。在整个病株中，以病薯块内腐烂茎线虫最多，且经一冬一春冻晒，几乎还能全部成活。因此发病区在春季育苗期、移栽期和秋末收刨期，都要及时清洁田园，彻底收检病残体进行晒干集中烧毁，以免腐烂茎线虫进入土壤。
3、药剂防治。药液浸苗：可用50%辛硫磷乳剂或40%甲基异柳磷乳剂100～150倍液，将剪下待栽的幼苗基部3寸左右浸入药液内10分钟即可栽植。毒土穴施：可用5%茎线灵颗粒剂或5%神农丹颗粒剂1～2公斤，加细干土30公斤拌匀，制成毒土，栽苗时每穴施毒土10克，然后灌水、栽苗、盖土;也可选用 3%米乐尔颗粒剂，每亩2公斤，定植前10～15天进行穴施或土壤处理，如与栽薯同时进行将产生药害。药液灌穴：用40%甲基异柳磷乳剂0.3～0.5公斤，兑水1500公斤，栽种前每穴浇稀释后的药液0.5公斤，然后即可栽苗、盖土。对重病区，可采用药液浸苗、药液灌穴双管齐下的办法，防效更好。
4、调整种收时间：重病地，春薯早栽推迟到5月中旬栽植，提前到9月底或10月初收获，以避开腐烂茎线虫危害盛期，并及时切片晒干后作酿造原料或煮熟后作饲料。
