金针菇黑斑病是一种由假单孢菌引起的细菌性病害。发病后，金针菇菌盖出现椭圆形褐色或深褐色斑点，初为针尖状，扩大后直径为2～4毫米，边缘整齐，有时菌盖开裂。
防治方法：控制好温度和湿度。给菇房洒水时，不可将水直接洒在金针菇子实体上，禁止用冷水喷洒。菇房内的湿度不宜长时间超过90%，要看天气变化洒水，晴天洒水要轻、勤、细，阴雨天要少洒或不洒水。每次洒水后加强通风，然后覆盖地膜。出菇期间室内气温应调为17℃左右。发病后要及时将病菇摘除，并喷洒 100～200国际单位的农用链霉素或漂白粉600倍液进行防治。
金针菇具有很高的药用食疗作用。金针菇氨基酸的含量非常丰富，高于一般菇类，尤其是赖氨酸的含量特别高，赖氨酸具有促进儿童智力发育的功能。金针菇黑斑病是一种较常见病症，影响产量和质量，要积极防治才是最关键的。
