病原菌形态特征:菌丝无色无隔.孢子囊初无色,成熟后浅黄,球形至宽卵圆形,长宽比为1:1.2.顶端突起明显.游动孢子肾形,侧生两根鞭毛.藏卵器初无色,老熟后呈黄褐色,球形.藏精器围生,有时侧生.厚垣孢子球形;无色至褐色.
发病特点:疫病菌可根据不同环境条件以不同孢子形态在土壤中越冬,成为次年侵染的来源.环境条件适合时,可产生各类孢子,以孢子囊为多.孢子囊释放出游动孢子侵染棉苗,造成疫病.夏季高温,病菌产生卵孢子在土壤中越夏,至秋季又产生孢子囊,释放游动孢子,侵染棉铃,造成棉铃疫病;在温度15~30℃,相对湿度30~100%条件下都可发病,但多雨高湿是重要发病条件.因此在多雨的南方棉区,发病重于北方棉区.