1、严格检疫制度，保护无病区。严禁无病区到全蚀病发生区引调小麦种子。若必须引调时，应严格检疫手续，从经过产地检疫的无病地块引调无病种子。
2、消灭零星病区。对零星发病地块，要高茬收割(5寸以上)，在田间烧毁麦茬，收获的小麦不能做种用。病地改种水稻、地瓜、花生、豆类、瓜类或其他经济作物，做到就地灭病。
3、农业防治(1)合理安排茬口，有计划地轮作。多年的观察证明，连作有利于病菌的存活和积累，轮作则能导致病菌的灭亡。因此，重病区要因地制宜，有计划有目的地调整作物布局，搞好轮作换茬。在重病地块种植地瓜、花生、豆类、瓜类等非寄主作物或改种水稻两年以上，防病效果都很显著。(2)增施有机肥和磷肥，可起到改良土壤，培肥地力，促进小麦根系发育，提高抗病能力，减轻危害的作用。同时，还有利于土壤微生物的活动，抑制小麦全蚀病菌的侵染危害。据近几年试验，在肥力较低，严重缺磷的病地，亩施5000公斤土杂肥，40～50公斤过磷酸钙或15公斤三元复合肥，白穗率可降低50%以上。(3)深翻倒土。小麦全蚀病菌主要集中在0～20厘米的土层中。因此，重病地块深翻倒土，以生压熟，能够减少耕作层的菌量，再结合增施有机肥和磷钾肥，可有效地控制病害。(4)积施净肥，防止病害随土杂肥扩散。罹病小麦根茬组织有大量的休眠菌丝体，使用混有病根茬残体的麦糠、场土和病地土垫猪圈积肥，可使小麦全蚀病随土杂肥扩散、蔓延。因此，不要用场土、病地土、病麦糠等积肥，若用时，必须进行高温发酵处理。
4、药剂防治。(1)药剂拌种：用20%粉锈宁乳油，按种子重量的0.2%拌种，注意粉锈宁易产生药害，拌种时应严格控制用药量。(2)药剂喷雾：于小麦出苗后30天左右，每亩用20%粉锈宁乳油150～200克，兑水50～60公斤喷施，翌年小麦返青期再喷一次，可有效地防治全蚀病，也可兼治锈病和白粉病。
