水稻苗期管理是非常重要的，要勤观察，发现问题及时解决。
1.温度管理：出苗-2.5叶前，棚内温度控制在30度一下，秧苗长到2.5叶开始，棚内温度控制在25度一下。出苗前25度就应该留通风口。出苗后当天的外界气温15度以上时，就应早点留小通风口，逐渐炼苗，使小苗逐渐适应外界气温。
2.水分管理：早晨太阳出来前，稻叶尖上有大的水珠就不浇水。如需要浇水时一定要浇透，切记不要勤浇水
3.立枯病(黄枯)：立枯病的诊断：首先看稻苗新叶尖上没有水珠或发黄，其次是把病苗连根拔起后，根和茎的连接处掰开看，茎的中心变黑就是立枯病。立枯病一般先是心叶不吸水变黄，严重时整株变黄死亡。可以用立枯净、克枯星或者是恶霉灵防治比较好。
4.恶苗病(公苗、大个子病)：种子发芽时侵染的，恶苗病苗的茎秆圆，叶黄，叶与叶的间距长，秆高，容易分瓣。后期的病苗心叶浅绿或黄。在移植前拔净。
5.烂秧：地凉、水凉、气温低时，水稻根系失去生长能力后，真菌侵染烂根，出现烂秧。还有苗床地势洼的秧苗根系发黑，无新根，秧苗的基部发黑褐色，严重时变黑发粘烂掉
6.细菌性褐斑病：秧苗徒长后通风就容易发生上部叶片的边缘和叶面有褐色病斑，底部也叶一般不得。细菌性褐斑病不用打药，开始小通风，逐步加强通风管理。
