木瓜根系在土壤中要进行呼吸作用.在缺氧的条件下进行的缺氧呼吸时，根系内部的生化反应产生甲醇(酒精)，由于酒精中毒发生烂根，这种现象多属苗床积水或土壤板结造成土壤中空气不足缺氧，在整理苗床时要开好畦与畦之间的排水沟，防止苗床雨后受淹.
木瓜幼苗根系幼嫩，施肥时以稀浓度为好，浓度太容易造成幼根吸收不了，反而使幼根细胞内的自由水向外渗透失水死亡而引起烂根，也就是农民常讲的"作物被肥料烧死".
木瓜幼苗根系被线虫为害后，幼根内部组织受破坏，阻碍了吸收和向植株输运养份，根部出现大小不同的肿瘤状导致烂根，发现时可用70%霜霉威600倍液或70%百菌清800倍液喷施.
发生根腐病是导致幼苗烂根的病害，发生时亩用25%粉锈宁5-6克兑水500-700倍喷施
