菠菜根腐病病菌在土壤中和病残体上过冬，一般多在3月下旬至4月上旬发病，5月进入发病盛期，其发生与气候条件关系很大。苗床低温高湿和光照不足，是引发此病的主要环境条件。育苗地土壤粘性大、易板结、通气不良致使根系生长发育受阻，也易发病。另外，根部受到地下害虫、线虫的危害后，伤口多，有利病菌的侵入。
根腐病发病初期，仅仅是个别支根和须根感病，并逐渐向主根扩展，主根感病后，早期植株不表现症状，后随着根部腐烂程度的加剧，吸收水分和养分的功能逐渐减弱，地上部分因养分供不应求，在中午前后光照强、蒸发量大时，植株上部叶片才出现萎蔫，但夜间又能恢复。病情严重时，萎蔫状况夜间也不能再恢复。此时，根皮变褐，并与髓部分离，最后全株死亡。
鉴于菠菜根腐病的危害，可以采取以下措施预防：
苗床土壤消毒，每平方米用50%多菌灵1.5克撒于地表翻入土中，或用75%五氯硝基苯3克均有良效，且可兼治猝倒病、立枯病。
药剂防治。发病时，可用病菌克1500倍液喷雾或浇灌病株;或8 0%的402乳油1500倍液灌根。
种子、插穗消毒。播种前，种子可用种子重量0.3 %的退菌特或种子重量0.1%的粉锈宁拌种，或用80%的402 抗菌剂乳油2000倍液浸种5小时;插穗基部也可用同样浓度药液浸1小时后扦插。
