一、鬼伞类竞争性杂菌
鬼伞类杂菌的孢子一般是混在稻草等原料中进入菇床的，5～10天床面便出现大量的鬼伞菌，与鸡腿菇争夺营养，其子实体腐解后流出墨汁样的孢子液。
1)选用新鲜、干燥的稻草作为培养料， 并进行二次发酵，以杀灭鬼伞孢子。
2)发现鬼伞应及时摘除并深埋。
所覆的土必须是取自于地表20厘米以下的土层，并严格进行消毒。
发病后用浓石灰水局部灌淋，并停止供水，待局部泥土发白后小心挖出，并将其运至较远的地方深埋。
二、白色石膏霉
是由培养料偏酸而引发的一种病害，一般在下种10～15天内发生。该霉菌初期在覆盖表面形成大小不一的白斑块(状如石灰粉)，老熟时斑块变为粉红色，并可见到黄色粉状孢子团，挖开培养基有浓重的恶臭味，大部分菌丝死亡、腐烂。
1)培养料发酵时添加5%的石灰粉，调节其pH值为8.5。
2)局部发病时可用500倍的多菌灵或5%的石碳酸溶液喷洒。
3)加强通风，降低畦面空气的湿度。
