柑桔黑腐病菌属于寄生性较弱的真菌，一般都只能通过果皮伤口或果蒂口侵入。柑桔黑腐病菌主要以孢子附着在果实上越冬，也可以菌丝体潜伏在病枝叶组织内越冬，当温湿条件适宜时便产生大量分生孢子，靠气流传播，在果园中侵染幼果，到后期或贮藏期引起果实腐烂。
此病在果实上有两种症状类型。一种是由于果皮受伤，病菌由伤口入侵，并呈现水渍状淡褐色病斑，后病斑扩大并向内部侵入。此时果皮下陷，病斑表面长出灰白色菌丝，很快转变成墨绿色霉层。病部果皮腐烂，果肉变质味苦，不堪食用。此类型的外部症状明显，病菌由果皮侵入果肉，引起全果腐烂。另一种类型是在幼果期。病菌一般多从脐部侵入。潜伏在果心，果实外表不表现症状，病菌在果实内部扩展危害引起果心、果肉腐烂，最终果实变黑溃环。此种类型的外部症状不明显，病菌潜伏在果内、由内向外引起全果腐烂。
防治方法:农业措施：(1)防止果实受伤，采收时要轻采轻放，壁免果实遭受机械损伤;(2)库房及用具消毒果实进库前10～15d，对库房或地窖进行消毒，按每立方米容积用5～10g硫磺粉进行熏烟，或用福尔马林1：40倍液喷射，每立方米30～50ml，消毒时关闭门窗3～4d，然后通气2～3d。(3)控制库房中的温度湿度在80%～85%，注意通风换气。
