芹菜菌核病在温度15℃左右、相对湿度85%以上，利于发生和流行。芹菜连茬或与易发生菌核病的十字花科等蔬菜连茬容易发病。排水不良、偏施氮肥发病重。芹菜菌核病一般叶片首先发病，呈暗色污斑，潮湿时表面密生白色霉层。后向下蔓延引起叶柄及茎发病。受害部位呈褐色水浸状，湿度大时形成软腐，表面长出白色菌丝，最后茎组织腐烂呈纤维状，茎内中空，形成鼠粪状黑色菌核。
1、发病初期开始喷洒50%农得灵可湿性粉剂1000倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或65%甲霉灵可湿性粉剂1000 倍液。每7天喷药1次，连续防治2～3次。棚室可用10%速克灵烟剂熏烟。也可喷10%灭克粉尘剂，或6.5%甲霉灵粉尘剂，每667平方米1千克。
2、实行3年轮作。使用从无病株上选留的 种子，或播前精选种子，剔除种子间混杂的菌核。播种前进行种子消毒。夏季收获后及时深翻或灌水浸泡或闭棚7～10天，利用高温杀灭表层菌核。采用地膜覆盖，阻挡子囊盘出土。没覆盖地膜，应多次中耕，以铲除出土子囊盘，减轻发病。
