(1)在栽培过程中，环境条件及管理方法不妥;造成反常的生理活动的现象。我们称为生理性病害。
菌丝风长：菌丝表层气生菌丝浓密，影响出菇。形成菌丝风长的原因主要是空气湿度大，通风不良所致。防止办法，加强通风，降低湿度即可。
平菇的大脚菇：子实体菌盖极小，菌柄粗长。这主要是缺氧、通风不良造成的。只要加强通风，注意光线即可防止。
平菇枯萎：菇蕾或子实体生长停滞，逐步萎缩、变干枯死、腐烂。发生的原因主要是水分不足，通风过大。防止办法，增加空气相对湿度，不使料面干燥，通风时切勿让风直吹菇蕾或子实体。
平菇药害：子实体喷药后(敌敌畏)，菌盖停止生长，边缘形成一条黑边、翻卷。要禁止使用一些有害的农药。
锈斑：平菇菌盖、菌柄上产生锈褐色斑点。发生的原因，主要是通风不良、湿度过大形成的。防止办法，加强通风，降低湿度。
(2)子实体被其他杂菌污染致使发病或死亡。我们称为浸染质病害。 平菇常见的病是干泡病(褐斑病)，主要危害其正常生长。其症状为子实体表面产生白色绒毛状菌丝，出现褐色斑点，菌盖萎缩、干裂。
防治法：降低温度，加强通风。病区喷2%甲醛液或1：500倍多菌灵。
2.杂菌
危害干菇的杂菌很多，主要有以下几种：
(1)青霉和木霉：青霉初期为白色，以后变成浅绿色。木霉一开始即为绿色，以后绿色逐渐加深。湿度高，通风不良，酸性环境易发生。
防治：可挖掉污染部位，然后洒上多菌灵原粉或生石灰。料内污染，应全部烧掉或深埋。
(2)链孢霉：发生的条件在25℃～30℃温度下，孢子6小时萌发，形成大量棉絮状菌丝，48小时后产生大量粉红色的分生孢子。
在培制培养料时用1：500倍多菌灵或霉锈净拌料，可避免发生，如果发生，及早销毁或深埋。
(3)石膏状霉菌：常发生在培养料表面，产生粉状浓密的白色菌丝。 防治方法：增加料的磷肥含量，喷洒1：7的乙酸溶液。
(4)黄曲霉：菌丝开始为白色，以后大量产生黄色孢子。高温(27℃以上)，培养料水分偏干的情况下，发生严重。
防治方法，降低温度，控制在25℃以下，配制培养料时，水分适宜。 3.害虫
(1)菌蛆：主要危害菌丝体或子实体。菌蝇、蚊等的幼虫都是白色或黄色没有脚的小蛆，会蛀食子实体。 防治办法：清除衰老的菌丝体;利用成虫趋光性，设杀虫灯进行诱杀，或喷高效低毒农药，如敌百虫1000倍液喷 射，能杀死幼虫和虫卵。
(2)菌螨：属于蜘蛛纲、蜱螨目的一些小虫，个体很小，黄白色，成堆时是淡黄褐色，像灰尘或米糠，繁殖力很 强行动迅速，会吃菌丝和菌盖，造成菇蕾枯萎。
防治：原料充分晒干，周围环境喷敌敌畏，发生后用4%三氯杀螨醇乳剂800倍液喷洒。
(3)跳虫：成虫有灵活的尾部，弹跳如蚤，咬食子实体。防治方法：喷洒0.1%的鱼藤精。
还有一些害虫如古语蛄蝓、蚂蚁、蟑螂、蝼蛄等，防治时可在地面撒些生石灰。
4.老菇房的处理
在室内或地道，连续栽培平菇，往往引起病虫、杂菌的严重危害，导致失败。形成第一次栽培产量高，第二、三次严重污染，甚至无收。究其原因：因每次栽培后不消毒，平菇生长过程中产生有害代谢产物，积累在床架、洞壁上。菌丝体衰老，室内或工事阴暗，潮湿、通气差等原因，引起了杂菌孽生、虫害横行。
防治办法：注意环境卫生，墙壁用5%～6%碱水冲洗、刷净，地面洒生石灰，或喷洒石灰酸消灭杂菌。另外喷洒杀虫药剂，消灭毒虫。用甲醛、硫磺等药品密闭熏蒸消毒。
5.防止对平菇孢子过敏的措施
平菇成熟后要及时采收，当孢子散发后再采收，一则影响下一茬菇的形成;另外对工作人员身体健康有严重危害。
平菇孢子对大多数人能产生过敏反应，使人发生咳嗽、粘痰、气闷、低烧等症状。
防止办法：及时采收，成熟后，在孢子未放以前，及时采收;工作人员进入菇房前，先喷雾化水，使孢子随水珠沉落于地面，减少空气中孢子含量。 另外有关资料介绍，菌盖在2～3厘米时，喷洒谷氨酸钠营养液追肥。配方是：水100斤、糖1斤、谷氨酸钠(味 精也可以)0.1斤、维生素Bll00片。每天喷雾一次。可提高产量，延缓孢子释放时间。
