水稻黑粉病主要发生在水稻扬花至乳熟期，只为害谷粒 ，每穗受害1粒或数粒乃至数十粒，一般在水稻近成熟时显症。染病稻粒呈污绿色或污黄色，其内有黑粉状物，成熟时腹部裂开，露出黑粉，病粒的内外颖之间具1黑色舌状凸起，常有黑色液体渗出，污染谷粒外表。扒开病粒可见种子内局部或全部变成黑粉状物，即病原菌的厚垣孢子。
防治措施：
(1)实行检疫，严防带菌稻种传入无病区。
(2)注意明确当地老制种田土壤带菌与种子带菌两者作用的主次。以种子带菌为主的地区，播种前必用10%盐水选种，汰除病粒，然后进行种子消毒，消毒方法参见稻瘟病。
(3)实行2年以上轮作，病区家禽、家畜粪便沤制腐熟后再施用，防止土壤、粪肥传播。
(4)加强栽培管理，避免偏施、过施氮肥，制种田通过栽插苗数、苗龄、调节出秧整齐度，做到花期相遇。孕穗后期喷洒赤霉素等均可减轻发病。
(5)杂交制种田或种植感病品种，发病重的地区或年份，于水稻盛花高峰末期和抽穗始期，各喷1次14%黑偻净胶悬剂2400倍液或灭黑1号胶悬剂250倍液。轻病年则于盛花高峰末期喷1次即可。此外也可选用30%百科乳油每667m275ml或50%可湿性粉剂50，40%灭病威胶悬剂200ml、25%三唑酮可湿性粉剂50g，对水50L进行喷雾。使用三酮时应避开花期，于下午施药，以免产生药害。此外也可在水稻穗期喷洒25%敌力脱乳油2000倍液能有效地防治本病，还可兼治纹枯病、稻曲病、叶鞘腐败病。
(6)选用抗病品种。在杂交稻的配制上，要选用闭颖的品种，可减轻发病。
