香菇菌丝生长的适宜条件是温度为22℃～26℃，空气湿度为60%～65%，通风良好，黑暗或弱光。
接种后1～6天，是菌丝萌发和定植期，由于菌丝生长微弱，菌袋温度比室温低1℃—3℃，为给菌丝提供适宜温度，要将室温调为28℃～29℃，每天要测定室温、堆温和袋温，其中以袋温为主调节室温和堆温。此时不宜移动菌袋，以防杂菌感染。3天内不通风或少量通风。 接种后7～10天，菌丝向料内蔓延，袋温逐渐升高，将室温控制为25℃～27℃。过7天开始翻堆，以后每7～10天翻堆1次。在翻堆时，逐袋检查菌丝生长情况及杂菌感染情况。发现漏接种的菌袋或没有发菌的接种穴，应将其集中到其他地方，挖除霉点，并用5%～10%的石灰水涂抹患处，培养室每天通风1～2次，每次约30分钟。
接种后11～20天，菌丝进入旺盛生长期，各种代谢活动加快，袋温高出室温1℃～5℃，要特别注意降温和通风。将室温控制为20℃～24℃，每天通风1～2小时。
接种后20天，因菌丝大量生长，袋内氧气不能满足菌丝生长要求，缺氧成为菌丝生长的限制因素，应及时揭去接种穴上的胶布，或用刺孔的方法增加氧气。第一次刺孔的时间在菌丝圈直径为8～10厘米时进行。用消过毒的牙签在菌丝圈前沿刺6～10个孔，孔深不能触及料层。当接种穴之间的菌丝相连时，用消过毒的毛衣针进行第二次刺孔增氧。当菌丝发满袋时，用消过毒的筷子在菌袋周身刺孔，刺孔的数目及深度，视温度及菌丝生长情况而定。温度高时多刺孔、深刺孔，反之少刺孔、浅刺孔。揭胶布或刺孔后，菌丝加速生长，菌袋温度会猝然升高。此时要加大通风量，并疏散菌袋，防止烧堆。经30～50天，菌丝长满菌袋，可进行菌筒转色和生理成熟管理。
菌筒转色是香菇菌丝发育的一个特殊生理过程，也是菌丝发育成熟的标志。菌筒转色适宜的条件：温度18℃～24℃，菌筒周围小气候的空气湿度为80%～85%，有一定散射光及良好的通风条件。当菌丝长满袋后，应将遮阳物去掉，以增加室内光照。室温严格控制在20℃～24℃，温差不要太大，少移动菌袋。若用大袋栽培，菌筒转色和生理成熟时间为25～30天;若用小袋栽培，转色时间为10～15天。在此过程中，菌丝逐渐倒伏并分泌褐色素，使菌筒由白色变为棕红色。转色条件适宜，菌筒转色均匀，菌膜厚薄一致，出菇整齐，则产量高，质量好。若转色太浅或不均匀，则出菇质量差，畸形菇多。若转色太重，菌膜过厚，则出菇慢，产量低。
