番茄心腐病是近年出现的生理病害。症状出现在果肉内部，靠近果实中心部出现不整齐的褐色坏死块，直径约为2—3cm，严重时褐色波及整个果肉，致果实品质低劣，但外部表现基本正常。这种心腐病也常引发空洞果或果实着色不良。
【病因】：一是处在高温期的大棚番茄如秋棚番茄第1至第2果容易发生心腐病，病因尚未明确，可能与高温期水分、温度不合适而妨碍根系对微量元素的吸收有关。高温干燥，根系发育不良的植株容易发生心腐病。二是品种之间有差异：日本的“桃太郎”发病重。
【无公害防治法】：(1)为防止心腐病的发生，要从改善植株的通风透光条件入手，对土壤深耕，使根系充分扩展，防止过度高温干旱，平衡营养生长和生殖生长的关系。(2)选用不易发生心腐病的早熟品种，制种采种时要先掰开果实，凡有心腐病的果实一定要淘汰。(3)提倡使用遮阳网，采用避雨栽培法可减少该病发生。
