小麦秆锈病主要发生在华东沿海、长江流域、南方冬麦区及东北、华北的内蒙古、西北春麦区。主要发生在叶鞘和茎秆上，也为害叶片和穗部。夏孢子堆大，长椭圆形，深褐色或褐黄色，排列不规则，散生，常连接成大斑，成熟后表皮易破裂，表皮大片开裂且向外翻成唇状，散出大量锈褐色粉末，即夏孢子。小麦的成熟时，在夏孢子堆及其附近出现黑色椭圆至长条形冬孢子堆，后表皮破裂，散出黑色粉末状物，即冬孢子。三种锈病区别可用“条锈成行叶锈乱，秆锈是个大红斑”来概括。
该病主要以夏孢子完成病害的侵染循环，在转主寄主小蘖叶背形成的锈孢子侵染小麦，又形成夏孢子和冬孢子，因此认为转主寄主作用不大或不起作用。我国小麦秆锈菌主要以夏孢子世代在福建、广东沿海地区、云南南部麦区越冬。翌春，夏孢子由越冬基地逐渐北移，经长江流域、华北平原到达东北、西北和内蒙古春麦区。秆锈菌越夏区域较宽，在西北、华北、东北及西南冷凉麦区晚熟春小麦及自生麦苗上可以越夏。山东的胶东和江苏的徐淮平原麦区自生麦苗上也可越夏。夏孢子借气流进行远距离传播，从气孔侵入寄主，病菌侵入适温18-22℃。竿千锈病流行需要较高的温度和湿度，尤其需要液态水，如降雨、结露或有雾。露时越长，侵入率越高，在叶面湿润时的温度，即露温适宜时适其侵入，需露时8—10小时，生产上遇有露温高、露时长时发病重。小麦品种间抗病性差异明显，该菌小种变异不快，品种抗病性较稳定，近20年来没有大的流行。
防治方法 (1)选用抗病品种，如东北麦区的克丰系列、克旱系列、新曙光系列、龙麦、辽麦系列，内蒙古的蒙杂系列，黄淮地区的泰山1号等。大多抗21号小种，要注意新小种34C#3和34C#3。种植时要兼顾抗源的多样化和合理布局。新育出的抗秆锈的春小麦品种有蒙麦30号、龙麦23号、龙辐麦7号、陇春15号、宁春24号、陇春8139、定丰3号等。抗秆锈冬麦品种有京411，皖麦26、27，豫麦18号，新宝丰(7228)，早麦5号，贵丰1号，滇麦18、19号
