有些棉农一直认为现在又抗虫棉就不必防治虫害了这是由于当前推行的抗虫棉只对棉铃虫、红铃虫等鳞翅目害虫具有抗性，而对地下害虫、红蜘蛛、棉蚜、盲椿象等却没有抗性，对甜菜夜蛾的抗性也不行。那么有什么好的方法进行抗虫棉进行特有病虫害的防治呢?如下：
可用办法：(1)种时用呋喃丹等药剂拌种，可控制地下害虫的损害。(2)蚜发作严峻时，可用40%氧化乐果1000~1500倍液，或50%辛硫磷1500倍液，或50%久效磷2000倍液，或50%辟蚜雾可湿性粉剂2000倍液喷雾防治，有特效。(3)治棉红蜘蛛可用73%克螨特2500倍液，或50%水胺硫磷等药物，均可收到杰出作用。
实践证明，抗虫棉对一、二代棉铃虫无须防治，三、四代棉铃虫应根据虫情当令防治。当百株2龄以上幼虫达至120头时，应及时归纳防治。栽培抗虫棉时，不要与棉铃虫喜食的作物如豆类、花生等进行间作套种，以防止大龄幼虫搬运损害棉花。
